12 мая 2014 года включён Евросоюзом в так называемый «санкционный список» лиц, у которых в ЕС замораживаются активы и в отношении которых введены визовые ограничения.

В начале 1990-х годов Плигин и Богуславский создали юридическую фирму ТОО «Юст», по словам Плигина — «самый успешный и серьёзный юридический бизнес в России». В 1994 году ТОО «Юст» выступило соучредителем санкт-петербургского ТОО «Юридическая фирма «Юст»», среди других учредителей которого были Юрий Кравцов (председатель законодательного собрания Санкт-Петербурга в 1995—1999 годах) и Дмитрий Козак.

В 1996 году В. Н. Плигин получил статус адвоката в Московской областной коллегии адвокатов. Плигин занимался уголовными процессами, фигурантами которых были известные политики. В частности, представители «Юста» защищали бывшего главу КГБ СССР Владимира Крючкова, бывшего председателя законодательного собрания Санкт-Петербурга Юрия Кравцова, предпринимателя Бориса Березовского, Анатолия Собчака. Участвовал в процессе между авиакомпанией «Аэрофлот» и швейцарской фирмой «Андава», основным акционером которой являлся Борис Березовский.

В этот период Плигин был также связан с бизнесом — являлся представителем акционеров ФГУП «Госинкор», входил в советы директоров объединения «Туполев», ОАО «Авиастар», КБ «Номос-банк» и других, представлял интересы отечественных государственных организаций в международных судах. С конца 1990-х годов — судья Международного коммерческого арбитражного суда. Был заведующим кафедрой предпринимательского права Высшей школы приватизации и предпринимательства по специализации: иностранные инвестиции, гражданский, арбитражный и уголовный процесс, законодательство о природных ресурсах, международное частное право.

7 декабря 2003 года был избран депутатом Государственной Думы, был членом фракции «Единая Россия», председателем Комитета Государственной Думы по конституционному законодательству и государственному строительству.

2 декабря 2007 года избран депутатом Государственной Думы РФ пятого созыва в составе федерального списка кандидатов, выдвинутого Всероссийской политической партией «Единая Россия», стал председателем того же комитета.

Член Генерального совета ВПП «Единая Россия», автор ряда статей и книг, соавтор учебника «Управление государственным имуществом».

В 2010 году занял второе место в рейтинге депутатов-лоббистов русского издания журнала Forbes.

На парламентских выборах 2016 года в территориальной группе «Единой России» по Санкт-Петербургу занял пятое место. Из-за низкой явки от группы в Госдуму были делегированы только два мандата, Плигин мог сохранить место в парламенте только в случае передачи мандата премьера Дмитрия Медведева.

Законодательные инициативы
При непосредственном участии В. Н. Плигина Государственной думой в 2003—2012 годах были приняты законы, предусматривающие:

замену льгот денежными компенсациями;
ужесточение наказания за нарушение Правил дорожного движения;
отмену прямых выборов глав регионов;
переход к выборам депутатов Государственной думы исключительно по партийным спискам, отмена выборов половины депутатов по одномандатным избирательным округам;
«закон Ротенберга», предполагавший компенсацию арестованного за рубежом имущества Российским гражданам за счёт бюджета
ужесточение государственного контроля за деятельностью некоммерческих организаций;
отмену нижнего порога явки избирателей;
введение запрета голосования «против всех»;
повышение проходного барьера для партий на выборах депутатов Государственной думы до 7 %;
ужесточение партийного законодательства;
запрет в какой-либо форме участвовать в выборах, в том числе наблюдать за выборами, для НКО («иностранных агентов»)
Сведения о доходах и собственности
Согласно официальной декларации, Плигин вместе с супругой получили за 2011 год доход в размере 8,5 млн рублей. В собственности супругов находятся 3 земельных участка общей площадью 3,55 тыс. квадратных метров, два жилых дома, две квартиры, «объект в дачном здании» и легковой автомобиль Audi.

По данным на 2007 год Плигину принадлежали доли в нескольких компаниях — 100 % в ООО «Юс-энерго», 25 % в ООО «Юст-офис», 20 % в ООО «Юст» и 14,3 % в ООО «Резервтрастком». По данным газеты «Коммерсантъ», в 2007 году Плигину также принадлежал участок площадью 25 гектаров в подмосковном посёлке Барвиха (район так называемой «Рублёвки»). Депутат планировал построить на этом участке элитный поселок, однако девелоперский проект не был осуществлен, и в мае 2012 года участок был выставлен на продажу Сбербанком со стартовой ценой 7,224 млрд рублей, которому фирмы Плигина были должны более 170 млн долларов.

По информации газеты «Ведомости», в Болгарии Плигину принадлежит домовладение общей площадью 171 м² и земельный участок площадью 500 м².

Награды
Награждён орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени (2015), орденом Почёта (2008), заслуженный юрист Российской Федерации (2011), имеет благодарность Президента Российской Федерации (2014).

Семья
В. Н. Плигин женат. Супруга — Нина Александровна — выпускница химического факультета ЛГУ, специалист в области ракетного топлива. У Плигиных два сына — старший Александр и младший Андрей.