В 1989 году окончил аспирантуру Ленинградского НИИ физической культуры.

В 1999 году защитил кандидатсукю диссертацию на тему «Принцип индивидуализации в системе физической подготовки дзюдоистов высшей квалификации» в Военном институте физической культуры, кандидат педагогических наук.

Тренерская деятельность
Тренерскую деятельность В. Б. Шестаков начал в 1978 году в Комплексной школе Высшего спортивного мастерства Ленинграда в должности тренера-преподавателя. За свою тренерскую карьеру Василий Шестаков подготовил 15 мастеров спорта, принимал участие в подготовке сборной команды Ленинграда к первенствам и чемпионатам СССР, спартакиадам народов СССР, где сборная команда завоевала призовые места. Его воспитанник, Абдуллаев Тагир — заслуженный мастер спорта, один из сильнейших самбистов мира, один из лучших дзюдоистов Европы 1980—1990-х годов, в самбо: двукратный чемпион мира (1988, 1997), двукратный чемпион СССР; в дзюдо: победитель Игр доброй воли 1994 года, бронзовый призёр чемпионата Европы, чемпион Х летней Спартакиады народов СССР 1991 года, двукратный чемпион страны.

В 1995—2003 годах Шестаков являлся директором Комплексной школы высшего спортивного мастерства. С 2004 года и по настоящее время — председатель попечительского совета школы.

Научная и литературная деятельность

С 2012 года является почётным членом Российской академии естественных наук по секции «Проблемы устойчивого развития России».

Соавтор ряда учебников и учебно-методических пособий:

Путин В. В., Шестаков В. Б., Левицкий А. Г. Учимся дзюдо с Владимиром Путиным. — М.: ОЛМА-ПРЕСС, 2003. — 159 с.
В. Б. Шестаков, Ерегина С. В. Теория и методика детско-юношеского дзюдо: учебно-методическое пособие. — М.: ОЛМА Медиа Групп, 2008. — 216 с.
Шестаков В. Б., Ерегина С. В. Теория и практика дзюдо: учебник. — М.: Советский спорт, 2011. — 448 с.
Шестаков В. Б., Ерегина С. В., Емельяненко Ф. В. Самбо — наука побеждать. Теоретические и методические основы подготовки самбистов: учебное пособие. — М.: ОЛМА Медиа Групп, 2012. — 224 с.
Политическая деятельность
В 2002 году был избран лидером «Социалистической единой партии России» (СЕПР). На Выборах в Государственную думу (2003) по партийному списку избран депутатом в составе избирательного блока «Родина», в которой занял пост заместителя руководителя фракции «Родина» в ГД, сопредседателя Фракция Родина — Народная воля — СЕПР.

В Государственной Думе Василий Шестаков представляет субъект Российской Федерации — Санкт-Петербург, за ним закреплены следующие муниципальные образования в регионе — Колпинский, Красносельский, Приморский и Пушкинский районы.

Общественная деятельность
В 1993 года по инициативе В. Б. Шестакова организована региональная Федерация боевых искусств «Будо», вошедшая в состав всемирной федерации «Кобудо» (WKF). В 1993 году Шестаков был избран национальным директором всемирной федерации «Кобудо» (WKF) по России.

С 1993 года и по сегодняшний день Шестаков является президентом Санкт-Петербургской спортивной федерации джиу-джитсу «Будо». В 2002 году по инициативе Шестакова была создана Российская федерация джиу-джитсу, которую он возглавлял со дня основания и до 2013 года. В настоящий момент Шестаков является почётным президентом этой федерации.

Один из учредителей спортивного клуба дзюдо «Явара-Нева» (Санкт-Петербург), почётный президент клуба — президент РФ Владимир Путин, генеральный директор клуба — Аркадий Ротенберг.

Ведёт активную работу по физической подготовке и укреплению здоровья подрастающего поколения. Является Президентом Автономной некоммерческой организации «Детско-юношеский спортивный клуб «Явара-М» на общественных началах с открытия клуба в Москве в 2002 году по настоящее время. Под руководством В. Б. Шестакова клуб реализует благотворительные программы для детей и подростков, занимающихся дзюдо: «Школа — начальная подготовка», «Школа — совершенствование мастерства», «Развитие культурных и спортивных связей между Россией и Японией».

5 ноября 2009 года на отчётно-выборном конгрессе Международной федерации самбо (FIAS) в Салониках Шестаков был избран президентом этой организации, в 2013 году — переизбран на конгрессе в Санкт-Петербурге.

С 2009 года является президентом Российской ассоциации спортивных сооружений, в её рамках он воплощает в жизнь партийный проект «Единой России» по строительству физкультурно-оздоровительных комплексов.

С 2009 года Шестаков является президентом Международной общественной организации «Спорт, Человек, Здоровье» (организация была создана в 2003 году). В рамках II Всемирных игр единоборств СпортАккорда под её эгидой был проведен VI международный конгресс «Спорт, Человек, Здоровье» (2013).

Член попечительского совета Всероссийской федерации самбо.

Семья
Отец — Борис Васильевич, участник Великой Отечественной войны, награждён медалью «За отвагу».
Мать — Зинаида Михайловна.
Жена — Шестакова Татьяна Константиновна.
Дочь — Юлия Горшенина (род. 1973).
Сын — Илья Васильевич Шестаков (род. 1978), в 2000 году окончил Санкт-Петербургский государственный университет экономики и финансов, в 2009 году — Российскую академию государственной службы при президенте РФ, с 2007 года — кандидат экономических наук, с 2010 года — заместитель министра сельского хозяйства РФ, с 2014 года — руководитель Федерального агентства по рыболовству.[8]
6 внуков: 2 внучки и 4 внука.
Награды
За большой вклад в развитие видов единоборств, подготовку олимпийского резерва присвоено звание «Заслуженный работник физической культуры и спорта Российской Федерации».
В 1996 году награждён почетным знаком «За заслуги в развитии физической культуры и спорта».
С 2002 года — Заслуженный работник физической культуры РФ.
В 2003 году награждён медалью «В память 300-летия Санкт-Петербурга».
В 2006 году за активную общественно-политическую деятельность награждён медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени.
Награждён в 2006 году почётной грамотой Государственной думы РФ за значительный вклад в развитие российского парламентаризма.
Высшая государственная награда Монголии орден «Полярная звезда», Улан-Батор, 2011 год.
Орден Почета, 2013 год (за заслуги в продвижении, поддержке и популяризации детско-юношеского спорта, а также спорта высших достижений, позволившие существенно повысить уровень физической активности населения и обеспечить мировое лидерство в отдельных видах спорта).
В 2013 году В. Б. Шестакову было присвоено звание «Почётный гражданин Лондонского сити» за достижения в деле укрепления российско-британских отношений.
В 2013 году награждён грамотой министра иностранных дел Японии за многолетние заслуги в области развития политического, культурного и экономического взаимодействия между двумя странами.