В 1980 году Усманов вместе со своим приятелем Насымовым, оперуполномоченным особого отдела КГБ, сыном заместителя председателя КГБ Узбекской ССР, были осуждены на 8 лет лишения свободы по трём статьям Уголовного кодекса. Усманов был освобождён условно-досрочно в 1986 году «ввиду искреннего раскаяния» и «за примерное поведение». После освобождения из колонии Усманов организовал для состоятельных иностранцев охоту в горах в Узбекистане. Затем с помощью университетских друзей перебрался в Россию. Первыми бизнесами Усманова в России стал цех по производству полиэтиленовых пакетов на базе Раменского завода пластмасс в Московской области, а также поставки табака. В 1997 году окончил Финансовую академию при Правительстве РФ по специальности «Банковское дело».
В июле 2000 года Верховный суд Узбекистана полностью реабилитировал Усманова, назвав уголовное дело против него сфабрикованным. Однако Крейг Мюррей, экс-посол Великобритании в Узбекистане, утверждает, что Алишер Усманов отбывал наказание заслуженно, так как является насильником, гангстером и рэкетиром, а реабилитировали его только благодаря устоявшимся мафиозным связям. Также Крейг Мюррей настаивает на криминальном происхождении денег российского олигарха. Сам Усманов категорически отрицал, что ему было предъявлено обвинение в изнасиловании.
В 2007 году компания, связанная с руководством Лондонского футбольного клуба «Арсенал», наняла частного детектива, для того чтобы расследовать прошлое Усманова. Расследование заняло полгода, в это время детектив посещала Ташкент, после чего сообщила заказчикам, что не получила результатов, пояснив, что власти Узбекистана «запутывают» расследование.
С 2006 года Усманов является членом Бюро Правления Российского союза промышленников и предпринимателей и в настоящее время возглавляет его Комитет по совершенствованию контрольно-надзорной деятельности и устранению административных барьеров.
В августе 2006 года Усманов как частное лицо приобрёл у партнёра Бориса Березовского и Бадри Патаркацишвили 100 % акций издательского дома «Коммерсантъ».

В конце 2006 стало известно, что Усманов ведёт переговоры о покупке 50 % акций российского спортивного телеканала 7ТВ. Планировалось, что канал войдёт в мультимедийный холдинг, основой которого стал «Коммерсантъ». В 2007 году 75 % акций канала Муз-ТВ также перешли в собственность Усманова.
В 2008 году, через общих знакомых с Усмановым познакомился Юрий Мильнер, и в августе Усманов становится акционером DST.
В мае 2008 года появилась информация о том, что Усманов договорился о покупке долей в российском операторе сотовой связи «МегаФон» у датского юриста Джеффри Гальмонда, причём по окончании сделки Усманов получит контроль над 31,1 % акций оператора мобильной связи. Ориентировочная сумма сделки — не менее $5 млрд.

24 апреля 2012 года изменилась структура акционеров компании «МегаФон», в результате чего «АФ Телеком» Усманова получил контрольный пакет (50 % и одну акцию). 2 октября 2013 года «МегаФон» объявил о закрытии сделки по приобретению 100 % ООО «Скартел» (Yota) у Garsdale Services Investment Limited.
В ноябре 2010 года Фонд Digital Sky Technologies, совладельцем которого является миллиардер Усманов, получил полный контроль над интернет-порталом Mail.Ru. В мае 2013 года группа компаний Mail.ru Group начала выходить из капитала Facebook в рамках IPO американской компании.

В 2013 году Mail.Ru Group продала все принадлежащие ей акции социальной сети.
В 2012 году основана диверсифицированная международная компания USM Holdings, которая объединила холдинг «Металлоинвест», операторов связи «МегаФон» и «Скартел», лидера интернет-рынка в русскоязычном сегменте Mail.Ru Group, телеканалы Disney Russia, «МУЗ-ТВ» и «Ю». Доли в холдинге распределились следующим образом: Усманов (60 %), структуры Владимира Скоча (30 %) и Фархада Мошири (10 %).
В 2013 году Усманов владел акциями Apple на сумму в 100 миллионов долларов. Продав их, он приобрёл акции китайских технологических компаний, в частности интернет-ретейлерах Alibaba Group и JD.com.

Трудовая деятельность

В 1990—1994 годах — первый заместитель гендиректора ЗАО «Интеркросс».
В 1993 году «Первый русский независимый банк», в котором Усманов входил в состав совета директоров, выступил в качестве соучредителя МАПО-банка.
В 1994—1995 годах — советник генерального директора Московского авиационного производственного объединения (МАПО).
В 1995—1997 годах — первый заместитель председателя правления МАПО-банка.
В 1994—1998 годах — гендиректор Межбанковской инвестиционно-финансовой компании «Интерфин» (ЗАО «МИФК «Интерфин»).
В 1997 по 2001 годы — член совета директоров ОАО «Архангельскгеолдобыча» (АГД).
С ноября 1998 года по февраль 2000 года — первый заместитель гендиректора ООО «Газпроминвестхолдинг».
С ноября 2000 года по июль 2001 года исполнял обязанности советника председателя правления ОАО «Газпром».
С февраля 2000 года по октябрь 2014 год — гендиректор ООО «Газпроминвестхолдинг» (дочерняя компания «Газпрома», занимается возвращением его дебиторской задолженности). На этом посту Усманову удалось вернуть под контроль «Газпрома» 100 % акций «Севернефтегазпрома», владеющего крупнейшим Южно-Русским месторождением, контрольные пакеты акций «Запсибгазпрома» и «Сибура», а также более 50 % акций «Стройтрансгаза».

Деятельность в области спорта

В конце августа 2007 стало известно, что компания Red and White Holding, совладельцем которой является Усманов (50 %), приобрела 14,58 % акций компании Arsenal Holdings, являющейся владельцем (100 %) лондонского футбольного клуба «Арсенал», за 75 млн фунтов стерлингов (около 150 млн долл.). К сентябрю 2007 он довёл свою долю в футбольном клубе до 21 %. Позднее в сентябре эта компания приобрела ещё 2 % акций Arsenal Holdings, сосредоточив у себя 23 % акций. Между Усмановым и американским спортивным магнатом Стэном Кренке продолжается своего рода конкуренция в деле наращивания своих долей в лондонском клубе. Конечной целью обоих предпринимателей является мажоритарное владение «Арсеналом».
С 6 декабря 2008 года — президент Международной федерации фехтования (FIE). По итогам голосования обогнал действующего президента FIE француза Рене Рока с преимуществом в пять голосов. 8 декабря 2012 года Усманов переизбран на пост президента Международной федерации фехтования.
С 28 апреля 2009 года — член Совета при Президенте Российской Федерации по развитию физической культуры и спорта, спорта высших достижений, подготовке и проведению XXII Олимпийских зимних игр и XI Паралимпийских зимних игр 2014 года в г. Сочи, XXVII Всемирной летней универсиады 2013 года в г. Казани.
Усманов уделяет большое внимание развитию спорта на российском и мировом уровне, является членом советов по подготовке и проведению XXII Олимпийских зимних игр и XI Параолимпийских зимних игр 2014 года в Сочи. Является членом попечительского совета Фонда поддержки олимпийцев России.
В середине октября 2015 года было объявлено, что USM Holdings Усманова совместно с «ЮТВ Холдингом» инвестируют 100 млн долларов в киберспортивную организацию Virtus Pro.

Состояние

Журнал Forbes в 2012 году оценил состояние Усманова в $18,1 млрд (№ 28 в мире и № 1 в России).
В 2016 году журнал Forbes оценил состояние Усманова в $12,5 млрд (№ 3 в России).
В апреле 2010 года британская газета The Sunday Times включила Усманова в десятку богатейших людей Великобритании. Он расположился на шестой позиции в рейтинге с состоянием в размере 4,7 миллиарда фунтов (рост по сравнению с прошлым годом на 213 процентов).

В апреле 2013 года назван самым богатым человеком Великобритании по версии рейтинга The Sunday Times Rich List.

Семья

Супруга с 1992 года — главный тренер сборной России по художественной гимнастике Ирина Винер-Усманова. В начале 1980-х годов, ещё находясь в заключении, Алишер послал Ирине Винер платок, что по узбекскому обычаю означает предложение руки и сердца.
Пасынок — Антон Винер — сын Ирины Винер от первого брака. Антон Винер — владелец сети элитных соляриев «Сан и Сити» и основатель сети «Хивинская Чайхана „Урюк-Кафе“». Своих детей у Алишера Усманова нет.
Среди близких родственников Усманова назывался племянник — Бабур Усманов, который в мае 2009 года женился на Диере — племяннице премьер-министра Уз­бекистана Шавката Мирзиёева. Бабур Усманов насмерть разбился на своём автомобиле 8 мая 2013 в Ташкенте.

Скандал вокруг застройки природоохранной зоны

С лета 2011 года компания-застройщик, которой владеет Антон Винер, производит строительство в природоохранной зоне реки Сходни, несмотря на отсутствие, по данным журналиста А. Минкина, разрешительной документации и наличие предписаний об устранении нарушений законодательства от Федерального агентства водных ресурсов и Природоохранной прокуратуры Московской области, ряда объектов капитального строительства, включая здания Международной академии спорта Ирины Винер и несколько элитных 17-этажных жилых домов.
В июле 2013 года председатель совета директоров компании-застройщика «Химки Групп» Д.Паньков на сайте радиостанции «Эхо Москвы» пояснил, что Ирина Винер имеет прямое отношение только к одному объекту в микрорайоне Новогорск — «Международной академии спорта Ирины Винер», возводимому на деньги её мужа Усманова, на участке, ранее предоставленном ей бывшим губернатором Московской области Борисом Громовым. Рядом, в трёх км, на берегу реки Сходни структурами Усманова строятся жилые дома, ранее этой стройкой занимался Антон Винер. Паньков опубликовал ряд разрешительных документов на вырубку деревьев в пойме реки и ведение строительства (от июня 2013 года). Со слов Панькова, существует договоренность о том, что будущие жители многоэтажных домов в Новогорске смогут пользоваться инфраструктурой Олимпийской деревни.

Благотворительность

17 сентября 2007 предприниматель за день до начала аукциона Сотбис за 111,750 млн долларов США приобрёл выставленную на продажу коллекцию искусства Мстислава Ростроповича и Галины Вишневской, состоящую из 450 лотов. Примечательно, что по предварительной оценке, стоимость коллекции составляла 26—40 млн долларов США. После покупки Усманов безвозмездно передал коллекцию российскому правительству, в данный момент она экспонируется в Константиновском дворце (Санкт-Петербург). Тогда же, в сентябре 2007 года Усманов выкупил у компании Олега Видова Films by Jove, Inc. исключительные права на коллекцию советских мультфильмов и передал её детскому каналу «Бибигон». В 2013 году Фонд «Искусство, наука и спорт» Алишера Усманова устроил возвращение картины Франса Халса Старшего «Евангелист Марк» в ГМИИ им. Пушкина.
В мае 2011 года Усманов вошёл в пятёрку крупнейших британских благотворителей в рейтинге, составляемом газетой The Sunday Times. По данным издания, заслуга эта — в финансировании предпринимателем фонда «Искусство, наука и спорт»; общий объём благотворительных трат Усманова за прошедший год составил около $126,5 млн.
В 2013 году Алишер Усманов занял первое место в рейтинге российских меценатов по версии журнала Forbes.
4 декабря 2014 года Алишер Усманов на нью-йоркском аукционе Christie’s приобрёл за $4,1 млн Нобелевскую медаль Джеймса Уотсона (которую Уотсон был вынужден продать) и вернул её учёному, на что тот ответил:
Я глубоко тронут этим жестом, который показывает его высокую оценку моей деятельности после открытия структуры ДНК, посвящённую исследованиям в области раковых заболеваний
— Lenta.ru

Награды

Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени (6 июля 2013 года) — за большие заслуги перед государством, активную общественную и благотворительную деятельность.
Орден Александра Невского (2014 год) — за активную общественную и благотворительную деятельность.
Орден Почета (17 марта 2004 года) — за достигнутые трудовые успехи и многолетнюю добросовестную работу.
Знак отличия «За благодеяние» (11 июня 2016 года) — за большой вклад в благотворительную и общественную деятельность
Почётная грамота Президента Российской Федерации (8 сентября 2008 года) — за заслуги в развитии отечественной промышленности и предпринимательства
Благодарность Президента Российской Федерации (24 декабря 2009 года) — за активное участие в подготовке и проведении Первого Всероссийского форума «Россия — спортивная держава».
Благодарность Правительства Российской Федерации (15 сентября 2008 года) — за активное участие в социально-экономическом развитии Курской области.
Нагрудный знак МИД России «За вклад в международное сотрудничество» (2013 год).
Орден Достык (Казахстан, 2011 год) — за плодотворную работу по сохранению взаимного согласия в обществе, заслуги в укреплении мира, дружбы и сотрудничества между народами.
Орден Почёта (Южная Осетия, 29 мая 2011 года) — за большой вклад в дело развития и укрепления отношений дружбы и сотрудничества между народами, активную благотворительную деятельность и оказанную народу Республики Южная Осетия поддержку в строительстве социально значимых объектов.

Санкции

В марте 2015 года в интервью Financial Times предложен для западных санкций Алексеем Навальным — за лояльность к политике президента Владимира Путина в отношении Украины. В отличие от ряда других олигархов и чиновников, Усманов под санкции не попал.