Указом президента от 9 марта 2004 года МПС России было упразднено.

Реформа железнодорожной отрасли

В середине 1990-х годов рентабельность железнодорожных перевозок МПС России упала до отрицательных значений, бюрократизация самого министерства подвергалась публичной критике, что стало поводом для реформ. Вскоре после избрания в 2000 году президентом России Владимир Путин одобрил идею реформы железнодорожного транспорта, согласно которой все хозяйственные функции на железной дороге должны быть переданы акционерному обществу со 100-процентным участием государства. Старт госпрограммы реформирования железнодорожного хозяйства России дало создание ОАО «РЖД» в октябре 2003 года. Новая компания получила свыше 95 % активов, относившихся к Министерству путей сообщения Российской Федерации.

Логотип и фирменный стиль

За время деятельности произошла одна смена фирменного стиля.

В 2003—2007 годах логотипом была надпись «РЖД», внизу колесо с двумя крыльями, а под ним — перекрещённые молоток и разводной ключ. Весь логотип выполнен в голубом цвете.

В мае 2007 года руководство компании объявило о смене корпоративного имиджа. Смена фирменного стиля происходила в несколько этапов в течение 2007—2010 годов. Окончательный вариант логотипа РЖД был разработан брендинговым агентством BBDO Branding. Также по заказу BBDO Branding агентство HardCase Design разработано семейство корпоративных шрифтов RussianRail, состоящее из 15 начертаний. В новом логотипе компании был использован гротесковый шрифт RussianRail Grotesque Medium. В 2008 году новый логотип «РЖД» стал финалистом международного дизайнерского конкурса WOLDA ’08.

Собственники и руководство

Единственным акционером общества является Российская Федерация. От её имени полномочия акционера осуществляются Правительством Российской Федерации. Оно утверждает в должности президента общества, ежегодно формирует совет директоров и утверждает годовые отчёты. 22 июля 2013 года постановлением Правительства РФ ОАО «РЖД» включено в список госкомпаний, руководители которых обязаны декларировать свои доходы и расходы.

Председатель совета директоров

Христенко Виктор Борисович (16 октября 2003 — 20 июля 2004);

Жуков Александр Дмитриевич (20 июля 2004 — сентябрь 2011);

Андросов Кирилл Геннадьевич (сентябрь 2011 — 22 июнь 2015);

Дворкович Аркадий Владимирович (22 июня 2015 — наст. вр.).

Президент

Фадеев Геннадий Матвеевич (23 сентября 2003 — 14 июня 2005);

Якунин Владимир Иванович (14 июня 2005 — 20 августа 2015);

Белозёров Олег Валентинович (20 августа 2015 — настоящее время)

Структура

В рамках проведения структурной реформы на железнодорожном транспорте, с созданием условий для отделения деятельности по предоставлению услуг инфраструктуры от перевозочной деятельности и появлением конкурентной среды, с 2008 года структура компании трансформируется в вертикально-ориентированный холдинг.
Железная дорога в своей структуре имеет предприятия дорожного подчинения, полигон каждой железной дороги делится на регионы. C 1 января 2011 года отменена подструктура отделений на всех железных дорогах. С переходом на безотделенческую систему работы каждая дорога состоит из регионов, возглавляемых заместителем начальника дороги по региону.

На декабрь 2010 года в структуру компании входили:

• Железные дороги
• Дирекция инфраструктуры
• Дирекции управления движением
• Дирекция тяги
• Моторвагонная дирекция
• Дирекция пригородных перевозок «Транском»
• Дирекция железнодорожных вокзалов
• Дирекция скоростного сообщения
• Центр фирменного транспортного обслуживания
• Дирекции по управлению терминально-складским комплексом
• «Росжелдорснаб»
• «Трансэнерго»
• Институт технико-экономических изысканий и проектирования железнодорожного транспорта «ГИПРОТРАНСТЭИ»
• Центр инновационного развития
• Центр корпоративного учёта и отчётности «Желдоручет»
• Центр научно-технической информации и библиотек
• Центр организации труда и проектирования экономических нормативов
• Дирекция по комплексной реконструкции железных дорог и строительству объектов железнодорожного транспорта
• Дирекция по ремонту тягового подвижного состава
• Дирекция по эксплуатации и ремонту путевых машин
• Дирекция по строительству сетей связи
• Дирекция по ремонту грузовых вагонов (упразднена с 01.07.2011 года путём преобразования в три вагоноремонтные компании (ВРК-1, ВРК-2, ВРК-3)
• Дирекция по ремонту пути
• Дирекция по тепловодоснабжению
• «Трансинформ»
• Главный вычислительный центр
• Центральная станция связи
• Центр обследования и диагностики инженерных сооружений
• Дирекция социальной сферы
• Дирекция медицинского обеспечения
• Научные институты и проектные организации

Планируемые проекты

С 2015 года «РЖД» примет участие в реконструкции и строительстве железных дорог в Сербии, Словакии (с колеёй 1520 мм от Кошице до Братиславы), Таиланде, Индонезии, а также Транскорейской магистрали.

ОАО «РЖД» планирует создание ОАО «Объединённая транспортно-логистическая компания» совместно с АО «Национальной компанией „Казакстан темир жолы“» (Казахстан) и Государственным объединением «Белорусская железная дорога». ОАО «РЖД» внесёт 50 % плюс 2 акции уставного капитала ОАО «Трансконтейнер» и 100 % минус 1 акция ОАО «РЖД Логистика».

16 декабря 2016 года ОАО «РЖД» предложило правительству Японии проекты железных дорог «Сахалин — Хоккайдо» и «Сахалин — Транссиб».

10 февраля 2017 года Владимир Путин объявил, что РЖД может вложить 1 млрд евро в модернизацию железных дорог Словении.

Осенью 2017 года, к 180-летию начала движения по первой в России железной дороге Санкт-Петербург — Царское Село, у Балтийского вокзала в Санкт-Петербурге будет открыт крупнейший в мире железнодорожный музей — музей Российских железных дорог.

Стратегия развития сети РЖД

В 2016 году на сети РЖД началась реформа по специализации железнодорожных линий под пассажирское и грузовое движение. В 2017 году начат переход к полигонным технологиям управления перевозками; согласно новой конфигурации на сети будет 6 полигонов: Московский, Северо-Западный, Волжский, Южный, Урало-Сибирский и Восточный. Ещё в 2011 году создан и функционирует Восточный полигон, включающий в себя подразделения производственного блока РЖД в границах Красноярской, Восточно-Сибирской, Забайкальской и Дальневосточной железных дорог. Восточный полигон, наработавший положительный практический опыт, является базовым полигоном реформы.

Дочерние компании

На 1 декабря 2014 года ОАО «РЖД» владеет пакетами акций 158 ДЗО. Среди них:

• АО «Федеральная пассажирская компания» — перевозка пассажиров дальнего следования — 100 %
• ОАО «Федеральная грузовая компания» (ОАО «ФГК») — грузовые перевозки — 100 %
• ЗАО «ТрансТелеКом» — телекоммуникационная компания — 100 %
• ОАО «ТрансКонтейнер» — крупнейший оператор контейнерных перевозок России — 85 %
• ОАО «ТрансКредитБанк» — банк — 28 %
• ОАО «ЖАСО» — страховая компания — 100 %
• ОАО «БетЭлТранс» — производство железобетонных, деревянных шпал; комплектов бруса стрелочных переводов — 100 %
• ОАО «НИИТКД» научно-исследовательский институт- 100 %
• Oy Karelian Trans LTD — оператор высокоскоростных поездов Allegro, курсирующих по маршруту Санкт-Петербург-Хельсинки — 50 %
• ОАО «ВагонРемМаш» — объединяющее Воронежский вагоноремонтный завод, Новороссийский вагоноремонтный завод и Тамбовский вагоноремонтный завод — 100 %
• ОАО «РЖДстрой» — строительно-монтажные работы — 100 %
• ООО «Аэроэкспресс» — оператор пригородных поездов, обслуживающих маршруты:
• Москва — аэропорты
• Казань — аэропорт
• Владивосток — аэропорт
• Сочи — аэропорт — 25 %
• ООО «Скоростные магистрали» магистраль Санкт-Петербург — Москва — 50 %
• ОАО «Железные дороги Якутии» — грузовые и пассажирские перевозки на территории Республики Саха (Якутия) — 50 %
• ЗАО «Южно-Кавказская железная дорога» — Армянская железная дорога — 100 % — 1 %
• ОАО «Петуховский литейно-механический завод» — производство запасных частей для железнодорожного транспорта — 100 % — 1 акция