В 1990 году — юридический директор фонда «Культурная инициатива» («Фонд Сороса»), в 1992 году возглавил фонд «Культурная инициатива».

В 1993 году входил в рабочую группу по подготовке проекта новой Конституции РФ.

29 апреля 1993 года назначен начальником управления по обеспечению деятельности Межведомственной комиссии Совета безопасности РФ по борьбе с организованной преступностью и коррупцией в высших эшелонах власти (сменил вице-президента Российской Федерации Александра Руцкого). В августе того же года комиссия обвинила Александра Руцкого в незаконных финансовых операциях. Освобождён от должности по собственной просьбе в связи с избранием в Государственную думу.

В 1994 году — член Комитета по международным делам, член Комитета по законодательству и судебно-правовой реформе.

В 1994—1997 годах возглавлял Российскую шахматную федерацию. Международный мастер по шахматам.

Звание международного мастера Макаров получил после того, как в ФИДЕ были представлены таблицы двух шахматных турниров, проведённых в России. Но через какое-то время появились сообщения о том, что представленные тексты партий, якобы сыгранных Макаровым в этих турнирах, переписаны у известных мастеров прошлого, включая Александра Алехина.

В 1995—1999 годах — депутат Государственной думы Федерального собрания РФ второго созыва, член Комитета по бюджету, налогам, банкам и финансам.

В октябре 1998 года назначен членом коллегии Госналогслужбы РФ. В июле 1999 года утверждён членом коллегии Министерства РФ по налогам и сборам.

В марте 2000 года назначен председателем Экспертного совета по налоговому законодательству при Комитете Государственной думы по бюджету и налогам.

В 2003 году назначен советником губернатора Кемеровской области по правовым вопросам. В июне 2003 года — вице-губернатор области по правовому обеспечению экономической деятельности.

В 2003—2007 годах — депутат Государственной думы Федерального собрания РФ четвёртого созыва. С 2003 года — член фракции «Единая Россия».

В декабре 2007 года избран депутатом Государственной думы пятого созыва от партии «Единая Россия». Заместитель председателя Комитета Государственной думы по бюджету и налогам.

В Государственной думе шестого созыва — председатель Комитета по бюджету и налогам.

Является учредителем московского адвокатского бюро «Андрей Макаров и Александр Тобак» совместно с Александром Яковлевичем Тобаком.

С 29 марта по 14 октября 2010 года — ведущий проекта «Справедливость» на РЕН ТВ. Из-за перестановок в руководстве телеканала РЕН ТВ обновлённая «Справедливость» не смогла выйти в эфир. С 29 августа 2011 по 29 октября 2013 года — ведущий программы «Свобода и справедливость» на «Первом канале».

23 октября 2012 года предложил отправить Геннадия Онищенко в отставку или на психиатрическое освидетельствование, после того как последний заявил о том, что готов поставить вопрос о роспуске Госдумы, если «антитабачный закон» не будет принят в том виде, в котором Министерство здравоохранения и социального развития РФ представило его в правительство.

Собственность и доходы

Согласно декларации о доходах, за 2011 год сумма годового дохода Андрея Макарова составила 7 525 109 рублей, его супруги — 75 331 329, ребёнка — 92 482; в собственности депутата и членов его семьи находятся два участка для ведения личного подсобного хозяйства по 0,25 га, земельный участок под дачное хозяйство на 0,18 га, два земельных участка под индивидуальное жилищное строительство по 0,14 га и жилой дом 318 м² в Испании, жилой дом 746 м² и квартиры 190 и 53 м² в России.

По информации газеты «Ведомости», в Испании Макарову принадлежит два земельных участка площадью 2,9 тыс. м².

Награды

Орден Почёта (21 июля 2014) — за активную законотворческую деятельность и многолетнюю добросовестную работу.
Почётная грамота Президента Российской Федерации (12 июня 2013 года) — за большой вклад в развитие российского парламентаризма и активную законотворческую деятельность.