С 31 мая 1998 — начальник Главного контрольного управления (ГКУ) Президента Российской Федерации. С 11 августа 1998 года до 6 октября 1998 — заместитель руководителя Администрации Президента — начальник ГКУ. Сменил на должности начальника ГКУ Владимира Путина, назначенного первым заместителем руководителя Администрации. Последняя крупная акция Патрушева в этой должности — проверка «Росвооружения», проводившаяся по указанию Бориса Ельцина. В ходе ревизии были вскрыты серьёзные финансовые злоупотребления со стороны команды бывшего директора компании А. Котелкина.

По некоторым данным, в акте ревизии фигурируют бывший помощник Ельцина по ВТС Борис Кузык, а также некоторые сотрудники Администрации Президента. Ельцин дал Генеральному прокурору Российской Федерации Юрию Скуратову указание провести тщательное расследование по результатам ревизии и наказать виновных. В Администрации не исключали, что эта проверка «Росвооружения» и стала причиной отставки Патрушева с должности начальника ГКУ.

С 6 октября 1998 года до 1999 года — заместитель директора ФСБ России, начальник Департамента экономической безопасности (на прежней должности был ближе к Кремлю и имел более широкие возможности).

С 16 апреля 1999 — первый заместитель директора ФСБ России. С 9 августа 1999 года — исполняющий обязанности директора ФСБ. С 16 августа 1999 по 12 мая 2008 года — директор ФСБ России. 30 сентября 1999 года избран председателем Совета руководителей органов безопасности и спецслужб (СОРБ) государств — участников СНГ (до мая 2008). В феврале 2006 — мае 2008 года по должности глава Национального антитеррористического комитета России.

С 20 ноября 1999 года по должности заместитель председателя Федеральной антитеррористической комиссии.

С 29 января 1999 года — член Межведомственной комиссии по предупреждению и ликвидации чрезвычайных ситуаций.

С 15 ноября 1999 года — постоянный член Совета безопасности РФ.

С 14 ноября 1999 по 25 апреля 2001 года являлся членом комиссии при Президенте РФ по противодействию политическому экстремизму в РФ.

С января 2001 по август 2003 года — руководитель Оперативного штаба по управлению контртеррористическими операциями на территории Северо-Кавказского региона. 28 августа 2003 года официально передал полномочия по руководству контртеррористической операцией на Северном Кавказе министру внутренних дел России Борису Грызлову.

В марте 2001 года назначен руководителем оперативной группы по усилению общественной безопасности, защите населения от терроризма в Ставропольском крае и Карачаево-Черкесской Республике и оказанию неотложной помощи гражданам, пострадавшим от террористических актов.

15 октября 2003 года был включен в состав Морской коллегии при правительстве России.

В марте 2007 года был утвержден членом Комиссии по вопросам военно-технического сотрудничества Российской Федерации с иностранными государствами.

26 сентября 2007 года был назначен членом Совета при Президенте РФ по развитию физической культуры и спорта, спорта высших достижений, подготовке и проведению XXII зимних Олимпийских игр и XI зимних Паралимпийских игр 2014 года в городе Сочи.

12 мая 2008 года назначен на должность Секретаря Совета безопасности Российской Федерации.

Доктор юридических наук. Награждён Почетной грамотой Правительства РФ (2001). Лауреат государственной премии РФ имени маршала Г. К. Жукова 2009 года, за разработку в составе коллектива, учебного пособия «Основы специальной подготовки сотрудников органов федеральной службы безопасности, командируемых в зону проведения контртеррористических операций на территории Северного Кавказа», вносящего значительный вклад в укрепления обороноспособности государства.

7 января 2007 года вместе с Артуром Чилингаровым и рядом других лиц посетил Антарктиду и Южный полюс на вертолётах.

Известен, в бытность директором ФСБ, пропагандированием идеи учреждения в России нового дворянства («неодворян»).

В 2006 году назывался политическими комментаторами как один из возможных преемников Путина на должность президента.

В 2013 году Николай Патрушев как секретарь Совета безопасности РФ был назначен руководителем государственной комиссии по подготовке к празднованию 100-летия образования Республики Карелия, которое планируется отметить в 2020 году.

21 января 2016 года судья Высокого суда Британии сэр Роберт Оуэн в ходе объявления результатов общественного дознания по делу Александра Литвиненко заявил, что судом установлено, что Литвиненко был убит экс-офицером Госуправления охраны Андреем Луговым и его партнёром Дмитрием Ковтуном. По заключению Оуэна, убийство, «скорее всего, одобрили» лично глава ФСБ Н. Патрушев и российский президент В. Путин.

Государственные награды
Герой Российской Федерации (присвоено закрытым Указом Президента РФ от 15 марта 2000 года (по другим данным от 14 января 2002 года))
Орден «За заслуги перед Отечеством» I степени (2006)
Орден «За заслуги перед Отечеством» II степени
Орден «За заслуги перед Отечеством» III степени
Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени
Орден Мужества
Орден «За военные заслуги»
Орден «За морские заслуги» (2002)
Орден Почёта (2011)
Орден имени Ахмата Кадырова
Медали, в том числе Медаль Ушакова
Лауреат Государственной премии Российской Федерации имени Маршала Советского Союза Г.К. Жукова в области военной науки (2009).
Иностранные награды
Орден Боевого Креста I степени (Армения, 2003)
Орден Почёта (Белоруссия, 2001)
Орден Богдана Хмельницкого III степени (Украина, 23 мая 2001) — за весомый вклад в развитие сотрудничества между Федеральной службой безопасности Российской Федерации и Службой безопасности Украины в борьбе с международным терроризмом, организованной преступностью и наркобизнесом[30] (при этом законом «О государственных наградах Украины» и уставом ордена предусмотрено награждение орденом Богдана Хмельницкого исключительно граждан Украины за особые заслуги в защите государственного суверенитета, территориальной целостности, укреплении обороноспособности и безопасности Украины)
Награды субъектов России
Медаль «За заслуги перед Ставропольским краем» (Ставропольский край, июнь 2003)
Почётный гражданин Республики Карелия (5 июня 2006)
Награды СНГ
орден «Содружество» (2003), Совет Межпарламентской Ассамблеи государств — участников СНГ
Церковные награды[править | править вики-текст]
Орден святого благоверного великого князя Димитрия Донского I степени (РПЦ, 2005)

Семья
Женат, имеет двух сыновей.

Младший сын Андрей в июле 2003 года окончил Академию ФСБ России, работал в ФСБ в так называемом «промышленном» отделе, а в сентябре 2006 назначен советником директора «Роснефти» Игоря Сечина. Через семь месяцев, в апреле 2007 года, указом президента Путина он был награждён орденом Почета «за многолетнюю добросовестную работу».

Старший сын Дмитрий работал вице-президентом банка ВТБ. В мае 2012 года в возрасте 34 лет был назначен на пост председателя правления 4-го по величине банка России Россельхозбанка.