В конце 1990-х годов в Нижнем Новгороде и в татарских селах Нижегородской области активно занимался проведением обрядов экзорцизма, изгнанием джиннов, лечением больных людей с помощью молитв, в чем неплохо преуспел и получил первую известность в кругах татарско-мусульманской общественности региона.

В 1996—1999 годы — директор исламского мектебе при Нижегородской Соборной мечети.

В 1996—2011 годы — преподаватель Нижегородского исламского медресе (НИМ) «Махинур».

В 1999—2009 годы — имам-хатыб Нижегородской Соборной мечети.

В 1999—2007 годы — директор НИМ «Махинур».

В 2001—2005 годы — директор исламского медресе «Медина» — филиала НИМ «Махинур».

В 2001—2004 годы — заместитель председателя Духовного управления мусульман Нижегородской области по учебно-воспитательной работе.

В 2001—2013 годы — член президиума Духовного управления мусульман Нижегородской области.

В 2003—2007 годы — помощник депутата Государственной Думы ФС РФ IV созыва А. Е. Лихачёва.

В 2004—2011 годы — заместитель председателя Совета Региональной национально-культурной автономии татар Нижегородской области по связям с общественностью.

В 2004—2009 годы — руководитель аппарата Духовного управления мусульман Нижегородской области.

В 2005—2006 годы — директор исламского медресе «Медина».

С 2005 года — ректор Нижегородского исламского института имени Хусаина Фаизханова.

В 2006—2007 годы — заместитель директора Института стратегических исследований ННГУ имени Н. И. Лобачевского.

В 2006 году в Нижегородском государственном университете имени Н. И. Лобачевского под научным руководством доктора исторических наук, профессора О. А. Колобова защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата политических наук по теме «Мусульманские общественные структуры Нижегородского Поволжья: закономерности развития в условиях модернизации современной России» (специальность «23.00.02 — политические институты, процессы и технологии»). Официальные оппоненты — доктор политических наук, профессор Н. М. Мухарямов, кандидат исторических наук Ю. А. Балашов. Ведущая организация — Казанский государственный университет.

В 2007—2013 годы — доцент кафедры теории политики факультета международных отношений ННГУ имени Н. И. Лобачевского.

В 2007—2008 годы — генеральный директор, а с 2008 года — главный редактор «Издательского дома „Медина“».

В 2007—2013 годы — исполнительный директор Фонда имени имама Абу-Ханифы.

В 2007—2013 годы — исполнительный директор Фонда имени муфтиев Бабахановых.

В 2007—2010 годы — член Общественной палаты Нижегородской области.

В 2008—2013 годы — докторант ННГУ имени Н. И. Лобачевского.

В 2008—2009 годы — секретарь Совета улемов Духовного управления мусульман Нижегородской области.

В 2009—2013 годы — председатель Совета улемов духовного управления мусульман Нижегородской области.

В 2009—2013 годы — первый заместитель председателя духовного управления мусульман Нижегородской области.

В 2009—2013 годы — председатель религиозного объединения мусульман махалля № 1 Нижнего Новгорода, главный имам-хатыб Нижегородской Соборной мечети.

В 2009—2016 годы — член Общественного Совета при ГУ МВД России по Нижегородской области.

В 2010—2011 годы — заместитель председателя Духовного управления мусульман Европейской части России по Приволжскому федеральному округу, специальный представитель Совета муфтиев России в странах СНГ.

В 2011 году вместе с семьей уехал на постоянное место жительства в Москву, где с 2012 года — преподаватель Московского исламского института (МИИ).

В 2011—2014 годы — первый заместитель председателя и руководитель аппарата Духовного управления мусульман Европейской части России (ДУМЕР). С 2014 года — первый заместитель председателя Духовного управления мусульман Российской Федерации (ДУМРФ). В 2014—2015 годы — руководитель аппарата Духовного управления мусульман Российской Федерации (ДУМРФ).

В 2012—2014 годы — член Общественной Палаты Российской Федерации. Был членом Комиссии по межнациональным отношениям и свободе совести и член межкомиссионной рабочей группы по подготовке экспертных заключений Общественной палаты Российской Федерации по проектам нормативных правовых актов, а также членом ряда комиссий с правом совещательного голоса — Комиссия по здоровью нации, развитию спорта и туризма, Комиссия по культуре и сохранению историко-культурного наследия, Комиссия по поддержке средств массовой информации как основы гражданского общества, обеспечению свободы слова и доступа к информации, Комиссия по проблемам безопасности граждан и взаимодействию с системой судебно-правоохранительных органов, Комиссия по развитию благотворительности и волонтёрства, Комиссия по развитию гражданского общества и взаимодействию с общественными палатами субъектов Российской Федерации, Комиссия по развитию образования

С 2014 года — ответственный секретарь Международного мусульманского форума (ММФ), руководитель рабочей группы оргкомитета

С 2015 года — член Комиссии по совершенствованию законодательства и правоприменительной практики Совета по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте Российской Федерации, член Рабочей группы Комиссии по вопросам религиозных объединений при Правительстве Российской Федерации.

С 2015 года — имам-мухтасиб Санкт-Петербурга и Ленинградской области.

В 2015 году — ответственный секретарь Оргкомитета мероприятий, приуроченных к 100-летию Нижегородской Соборной мечети; член Оргкомитета по подготовке церемонии торжественного открытия Московской Соборной мечети.

17 октября 2016 г. Указом Президента РФ Владимира Владимировича Путина утвержден в Общественную палату Российской Федерации.

Автор и соавтор книг, учебных пособий, статей и публикаций, научных альманахов. Является участником телевизионных передач на региональном и общероссийском телевидении.

Является экспертом ряда проектов Центра исследований ОБСЕ.

Член общественного и редакционного совета общероссийского мусульманского телевизионного канала «Аль-РТВ».

Женат, воспитывает четверых сыновей.

Награды

В 2009 году награждён медалью Духовного управления мусульман Европейской части России «За заслуги».

В 2012 году награждён медалью Духовного управления мусульман Европейской части России «За духовное единение».

В августе 2015 года награждён председателем Духовного управления мусульман Российской Федерации муфтий Р. И. Гайнутдином «Орденом „Аль-Фахр“», с формулировкой «За большой вклад в дело распространения исламских духовных и культурных традиций, беззаветное служение мусульманской умме, за заслуги в деле развития российского исламоведения, за усилия, направленные на развитие духовно­-нравственных и культурных ценностей российских мусульман». Вручение ордена состоялось в Нижегородской Соборной мечети в рамках торжественных мероприятий, посвященных 100-летию главного храма мусульман Нижегородской области перед джума-намазом.

10 декабря 2015 года награждён медалью «За защиту Республики Крым» с формулировкой «за вклад в развитие и укрепление межнациональных и межконфессиональных отношений, защиту конституционных прав и свобод жителей Республики Крым, развитие национальных культур в Республике Крым и в связи с Днем Конституции Российской Федерации».

Критика

Религиовед и исламовед Р. А. Силантьев в обзоре серии энциклопедических словарей «Ислам в Российской Федерации» издательского дома „Медина“ указал на то, что учебный словарь-справочник «Ислам в Приволжском федеральном округе» вышедший под редакцией Мухетдинова были включены статьи за авторством аспиранта факультета международных отношений Нижегородского государственного университета имени Н. И. Лобачевского А. Г. Никитина «о современном положении ислама в субъектах ПФО (кроме Нижегородской области), а также обзорная статья об округе» которые «представляли собой изрядно сокращенные региональные разделы» из второй части монографии Силантьева «Новейшая история исламского сообщества России», что является не обычным плагиатом «когда в свой текст вставляются куски из чужого без соответствующего закавычивания и сносок, но плагиат особо дерзкий, когда некая статья просто воруется в полном объеме и подписывается чужим именем». Кроме того Силантьев отметил: «Особую пикантность ситуации придаёт тот факт, что Мухетдинов и его команда клеймят меня исламофобом и обвиняют в искажении истории российского ислама. Что же, выходит, они так заинтересованы в трансляции позиции „исламофоба“, что даже воруют его тексты для своих книг?». И в заключении обратил внимание на то, что «данный „словарь“ был издан в рамках программы по подготовке специалистов с углубленным знанием истории и культуры ислама, то есть за государственный счёт».

Муфтий У. Ю. Идрисов в интервью «Интерфакс—Религия» отозвался о Мухетдинове следующим образом:

Я искренне заблуждался относительно этого человека. Я был им опутан — его речами, обещаниями, планами. Он мне представлялся воплощением всего нового и передового. Я каюсь в том, что не увидел истинного лица за этой дымовой завесой. Теперь я начинаю понимать тех людей, которые идут за ваххабитами. Я на себе испытал, что такое технологии обработки сознания. Пока я не отошел от Мухетдинова на достаточное расстояние, я был как под гипнозом.

В свою очередь Силантьев по этому поводу отметил:

Что же до Дамира Мухетдинова, которого Идрисов указывает как главного виновника резонансных скандалов вокруг ДУМНО, то о его происках нам было известно давно. И очень правильно, что проблему Мухетдинова решили сами мусульмане в лице муфтия Чечни Султана Мирзаева, который вывел его из ислама.