В 2005-2007 годах занимал должности первого заместителя директора, генерального директора ФГУП «Авиатехприемка».

В 2007-2014 годах был генеральным директором ФГУП «Авиатехприемка».

С 2014 по 2015 год – заместитель генерального директора по качеству и надежности ОАО «Объединенная ракетно-космическая корпорация» (ОРКК).

С 2015 года Евдокимов занимал пост исполнительного директора по обеспечению качества и надежности Государственной корпорации по космической деятельности Роскосмос.

12 октября 2016 года Следственный комитет РФ предъявил Владимиру Евдокимову обвинение по статье «Мошенничество в особо крупном размере с использованием служебного положения в составе организованной группы», которая предусматривает до 10 лет лишения свободы. Речь шла о мошенничестве с имуществом РСК «МиГ» на сумму не менее 200 миллионов рублей.

Евдокимов своей вины не признал и просил суд отправить его под домашний арест, предлагая за себя залог в 30 миллионов рублей.

Ранее в рамках этого дела был арестован Алексей Озеров, бывший гендиректор компании «МиГ-Рост» («дочки» РСК МиГ), и Егор Носков, заместитель гендиректора ПАО «Туполев».

По данным следствия, фигуранты дела причастны к хищению в начале 2000-х годов комплекса зданий на Ходынском поле площадью 22 тысячи квадратных метров.

Согласно предъявленному обвинению, ЗАО «НТЦ», одним из фактических владельцев которого был Евдокимов, в 2007 году заключило с МиГ договор на поставку продукции металлопроката. В результате МиГ задолжал поставщикам почти 58 миллионов рублей и не мог выплатить эту сумму из-за нехватки денежных средств. Тогда компании заключили контракт, по которому МиГ поставлял НТЦ вертолетную оснастку, а оплата происходила путем списания задолженности. Следствие считает, что таким образом Евдокимов приобрел вертолетную оснастку по заниженной цене.

1 декабря 2016 года Басманный суд Москвы удовлетворил ходатайство следствия об аресте Владимира Евдокимова.

26 декабря 2016 года суд отклонил апелляционную жалобу адвоката Евдокимова, который просил перевести его под домашний арест или освободить под залог в размере 30 миллионов рублей, и признал законным арест топ-менеджера.

За Евдокимова вступилось руководство «Роскосмоса». Гендиректор госкорпорации направил в суд обращение, где настаивал, что человек с таким опытом и квалификацией гораздо полезнее для страны на свободе.

Также Комаров отмечал, что Евдокимов не уволен из госкорпорации, поскольку предъявляемые ему обвинения не относятся к его работе в Роскосмосе.

27 января 2017 года Басманный суд Москвы продлил срок ареста Евдокимова до 30 апреля.

18 марта 2017 года стало известно, что Владимир Евдокимов найден мертвым в камере СИЗО №5 города Москвы.