В середине 1990-х гг. Гинера называли одним из совладельцев крупнейшей в России вещевой ярмарки «Лужники» вместе с бизнесменом Михаилом Воеводиным (также известного под кличкой Миша Лужнецкий), и политиком Александром Бабаковым. 

Совместно с российским политиком Александром Бабаковым и Михаилом Воеводиным является совладельцем компании VS Energy, имеющей доли в Кировоградской (78,8 %), Южной генерирующей компании (35,66 %) и «Черновцыоблэнерго» (47,55 %). Гинер и его партнеры контролировали крымские отели «Славутич» и «Русь», а также сеть гостиниц «Премьер-палас», флагманом которой является знаменитая «Ореанда» в Ялте, после присоединения Крыма к РФ отели владельцев не меняли. Общая выручка энергетического бизнеса группы по 2014 года превысила 13 млрд грн, что составляет около трети рынка передачи электроэнергии локальными сетями в стране. Оборот VS Energy в 2015 г. украинский Forbes оценивал в 6,1 млрд грн (менее $235 млн). Номинальными владельцами компании на паритетной основе являются гендиректор компании Валтс Вигантс, Вилис Дамбинс, Олег Сизерман, Артурс Алтберст и Марина Ярославская, согласно Панамскому архиву Вигантс и Дамбинс представляли интересы Гинера и его семьи, Воеводина и Бабакова.

8 февраля 2005 года на пересечении Ростовской и Саввинской набережных Москвы был обстрелян автомобиль Евгения Гинера: в машине находились сын бизнесмена Вадим Гинер и его охранник, получившие тяжёлые ранения.

С февраля 2001 — президент ПФК ЦСКА (Москва), к этому времени состав акционеров был следующим: владельцем 49 % акций стала британская Bluecastle Enterprises Limited, 25 % — российская «АВО-капитал», подконтрольная Bluecastle, 25 % — Минобороны. Сумму сделки СМИ называли в районе 30 — $80 млн. К 2013 году единственным владельцем клуба стала Bluecastle, которую контролировал Гиннер (при этом половиной компании владеет консорциум физических лиц, имена которых не раскрываются), также владевшая 60,1 % ОАО «Учебно-спортивно-оздоровительный комплекс «Октябрь» и тренировочная база «Ватутинки».

С 2004 по 2006 год занимал должность президента Российской футбольной Премьер-Лиги.

С 5 апреля 2013 занимает пост главы финансового комитета РФС.

Евгений Гиннер вместе с партнёрами построил ТРЦ «Новые Лужники» («Лужайка») площадью 250 000 м² на юге Москвы за МКАД, финансирование основывалось на кредите Альфа-банка в $104 млн. 15 июня 2015 года Мещанский суд Москвы постановил взыскать с него вышеуказанную сумму, которую структуры предпринимателя не смогли вовремя выплатить банку.

После закрытия вещевого рынка в Лужниках в 2011 году, Структурам Гинера на Ленинградском проспекте от общества ЦСКА досталась гостиница «Аэрополис» площадью 10 000 кв. м, а также небольшой ТЦ «Палладиум» на 8000 кв. м. Стоимость этих объектов по оценке аналитика IFC Markets Дмитрия Лукашева составляла около $120 млн.

Гинер возглавляет совет директоров «ТОК групп» (которую связывали с «МРСК Северного Кавказа» Каитова), является одним из директоров в совете «Техпроминвеста» (структуры «Ростеха», которая будет строить энергостанции в Крыму). Весной 2016 года возглавил рабочую группу по созданию СП «Ростеха» и «Россетей» — «Центр технического заказчика», занимающегося подбором подрядчиков и поставщиков для инвестпроектов «Россетей» на конкурсах. Кандидатура Гиннера была предложена «Ростехом».

Летом 2016 года было закончено строительство футбольного стадиона ЦСКА, длившееся 10 лет, при этом большую часть этого времени заняла тяжба с Министерством Обороны РФ за определение собственника территории. Вместе с ареной на 30 000 зрителей были также построены коммерческие помещения, занимающие более трети от общей площади стадиона в 171 000 м². Рядом со стадионом расположатся три офисных здания, в том числе 38-этажная башня в форме Кубка UEFA, который ЦСКА завоевал в 2005 г., а также гостиница на 48 номеров, сообщает JLL. Бюджет стройки оценивался Гиннером в не менее чем в $400 млн, из которых 70 % было предоставлено кредитом от банка ВЭБ.

Семья

Сын Вадим — вместе с отцом входит в совет директоров крупной сбытовой компании в Краснодарском крае «НЭСК-электросети», являющуюся спонсором футбольного клуба ЦСКА.