Предприятие создавалось на базе одного из подразделений Министерства Внешних Экономических Связей и на момент создания на Предприятии работало 7 человек.

ФГУП «Госзагрансобственность» занимает уникальное положение на мировом рынке недвижимости. Осуществляя эксплуатацию федерального недвижимого имущества, расположенного в 70-ти странах Европы, Америки и Азии, во всех главных столицах мира. В непосредственном соседстве с центрами торгово-экономических связей – торговыми представительствами России за рубежом, в ряде стран – с представительствами российских средств массовой информации.

В первые годы работы Предприятия были проведены мероприятия по составлению технических паспортов зданий и сооружений за рубежом, переданных в хозяйственное ведение Управлением делами Президента РФ, была произведена систематизация и учет оригиналов документов, подтверждающих право собственности РФ на зарубежные объекты. Была создана и ведется в настоящее время электронная база данных «Недвижимость», содержащая подробные сведения о недвижимости РФ за рубежом.

Приоритетным направлением в работе Предприятия является содействие органам федеральной исполнительной власти, администрациям субъектов Российской Федерации, крупным предприятиям и внешнеэкономическим объединениям России, которые продвигают товары, технологии и оборудование отечественного производства на мировой рынок. Для реализации деловых целей участников внешнеэкономической деятельности ФГУП «Госзагрансобственность» готово предоставить федеральное недвижимое имущество различного назначения в 70 странах мира:
земельные участки и здания под реализацию крупных инвестиционных проектов;
здание под размещение представительств;
офисные помещения;
жилые квартиры различной площади;
гостиничные номера, как для коротких рабочих поездок, так и с целью отдыха, туризма;
бизнес-центры для проведения деловых и протокольных мероприятий.

Все годы существования Предприятием ведется активная работа, направленная на повышение эффективности использования недвижимости за рубежом.

Одним из важнейших направлений деятельности Предприятия являются текущий и капитальный ремонт недвижимости РФ, находящийся в хозяйственном ведении Предприятия за рубежом, а также строительство новых объектов.

В настоящее время одним из приоритетных направлений Предприятия становится работа с объектами культурного и религиозного наследия Российской Империи, Советского союза, в частности реализуются проекты на Святой земле (Израиль, Палестина, Иордания). Идет активная реконструкция комплекса зданий Сергиевского подворья. В 2012 году начал работать Музейно-парковый комплекс в г. Иерихоне, также в 2012 году был сдан в эксплуатацию Странноприимный дом на месте крещения Иисуса Христа на реке Иордан.

Помимо вышеперечисленного 10 апреля 2013 года высшая судебная инстанция Франции — Кассационный суд -подтвердила право собственности Российской Федерации на Свято-Никольский собор в Ницце, а пятью годами ранее, 13 ноября 2008 года, Российской Федерации было передано Подворье Русской православной церкви в Бари.

Управление делами Президента РФ и ФГУП «Госзагрансобственность» в 2005-2012 гг. вернуло в собственность России 163 незаконно приватизированных или утерявших ведомственную принадлежность объекта и три объекта церковного и музейного назначения, находящиеся за рубежом.

В 2010 году и первом полугодии 2012 года было возвращено 155 объектов, расположенных в Монголии,
в Израиле, Палестинской национальной администрации и на Украине. Права собственности РФ оформлены на

55 объектов, в частности, на имущественный комплекс «Сергиевское подворье» (Израиль), 53 объекта недвижимости в Улан-Баторе (Монголия) и земельный участок в Иерихоне (Палестина).