В Москве увлёкся рукопашным боем и стал спортивным инструктором в управлении жилищно-коммунального хозяйства Главмосстроя. Вскоре Тимофеев женился и стал жить на Шипиловской улице. После ухода из спорта, Тимофеев продолжал совершенствовать физическую подготовку и одновременно занимался частным извозом, но это не приносило ему желаемых доходов. В середине 1980-х годов Тимофеев связался со шпаной из Орехово и начал заниматься напёрстничеством. Позднее Тимофеев подчинил себе всех частных извозчиков, напёрсточников, автоугонщиков на южной окраине Москвы. Постепенно Тимофеев приобретал всё большее влияние среди шпаны, активную помощь в этом ему оказывал младший брат «Иваныч-младший», впоследствии взявший на себя часть группировки. После выхода горбачёвского закона «О Кооперации», Тимофеев создал свою группировку, костяк которой составляли бывшие молодые спортсмены, и основным их занятием стал рэкет. Уже в то время, бригада «Сильвестра» стала конфликтовать с чеченцами из-за рынка в Южном порту, но особо серьёзных столкновений между ними не было. Для борьбы с кавказцами «Сильвестр» познакомился с лидером Солнцевской ОПГ Сергеем Михайловым («Михась»), и какое-то время Тимофеев и Михайлов работали вместе. В 1989 году Сергей Тимофеев, Сергей Михайлов, Виктор Аверин («Авера-Старший») и Евгений Люстарнов («Люстрик») были арестованы по обвинению в вымогательстве с кооператива «Фонд». Но обвинение рассыпалось и за решётку отправился один Тимофеев, который был приговорён к трём годам лишения свободы в колонии усиленного режима. Свой срок «Сильвестр» отсидел в Бутырской тюрьме и вышел на свободу в 1991 году.

Освободившись, «Сильвестр» сумел объединить под своей властью мелкие банды, действовавшие в столичном районе Орехово-Борисово, в единую структуру. За короткий период Тимофеев подчинил себе все крупные организации и предприятия на юге Москвы, а также множество кафе, ресторанов, ночных клубов, индивидуальных предпринимателей. Ореховская ОПГ постоянно отвоёвывала территории у других банд, что приводило к затяжным криминальным войнам. По некоторым сведениям, в то время несколько «славянских» воров предложили Сильвестру стать вором в законе, однако по неизвестной причине он отказался.

Чуть позже Сильвестр обзавёлся влиятельными зна­комствами, которые помогли ему быстро подняться к вершинам уголовной иерархии. Он дружил с влиятельными ворами в зако­не и авторитетами: Росписью, Япончиком, Петриком, Джамалом, Цирулем, Отари Квантришвили, Михасем. Одно время «ореховская» группиров­ка даже объединилась с «солнцевской», чтобы эффективнее противостоять «чер­ным» в Москве.

В решении конфликтов Ти­мофеев порой прибегал к помощи «измайловцев», «гольяновцев», «таганцев», «перовцев». Тимофеев также имел связи с екатеринбургскими группировками, ко­торые в обмен на долю в доходах от аэро­порта «Домодедово» уступили ему часть уральского бизнеса, в том числе и акции некоторых крупнейших приватизирован­ных металлургических предприятий.

В 1992 году женился на Ольге Жлобинской и получил гражданство Израиля. Позднее Ольга Жлобинская возглавила «Московский торговый банк», где в 1994 году коммерческая структура Бориса Березовского «Автомобильный всероссийский альянс» разместила денежные средства. Банк задержал выплату денег Березовскому. К 1994 году «Сильвестр» вступил в конфликт со значительной частью других группировок Москвы, в том числе этнических. Он один за другим брал под свой контроль банки, устраняя всех, кто вставал на его пути. Тимофеев также интересовался нефтяным бизнесом, из-за чего у него возник конфликт с «авторитетным» главой Партии Спортсменов России Отари Квантришвили. Они не поделили Туапсинский НПЗ, и 5 апреля 1994 года Квантришвили был застрелен снайпером. Это громкое убийство организовали по приказу «Сильвестра» лидер Медведковской ОПГ Григорий Гусятинский («Гриня») и Сергей Буторин («Ося»), а выполнил Алексей Шерстобитов («Лёша-Солдат»).

В начале 1993 года у Тимофеева возникли разногласия с известным ставленником кавказского криминала, вором в законе «Глобусом», за право контролировать клуб «Арлекино». Впрочем, возможно, этот клуб — лишь формальная причина, за которой скрывался очередной виток противостояния кавказских и славянских группировок. Сильвестр решил устранить «Глобуса» и привлёк незамеченную в московских разборках Курганскую ОПГ, в частности, их профессионального киллера Александра Солоника. В ночь с 9 на 10 апреля 1993 года на Олимпийском проспекте «Глобус» был им застрелен при выходе из дискотеки «ЛИС’С». Вечером 17 января 1994 года недалеко от стрелкового клуба на Волоколамском шоссе известный ореховский боевик Сергей Ананьевский (Культик), которого прикрывал Солоник, обстрелял автомобиль «Ford», в котором погиб криминальный авторитет Владислав Ваннер по прозвищу «Бобон», правая рука «Глобуса».

Летом 1993 года (по другой версии — летом 1994 года) Сильвестр летал в США, где встречался с авторитетнейшим вором в законе Япончиком. Тот, якобы, дал добро Тимофееву на управление всей Москвой. Впрочем, эти сведения многими опровергаются. Журнал «Огонек» № 18 от 5.05.1997 напечатал статью известного журналиста и автора «Бандитского Петербурга» Андрея Константинова, который написал следующее: «В июле 1994 г. у Иванькова возникли разногласия с Сергеем Ивановичем Тимофеевым (Сильвестром), который возглавлял „Ореховскую“ группировку и контролировал значительную часть торговли наркотиками в Москве. Конфликт возник после несостоявшейся сделки, когда Тимофеев обвинил сына Иванькова Эдика в присвоении трехсот тысяч долларов». В газете «Коммерсантъ» от 1.02.1997 приводятся те же сведения: «Примерно в июле 1994 года интересы Иванькова столкнулись с интересами Сергея Тимофеева (Сильвестр), который возглавлял ореховскую группировку и контролировал торговлю наркотиками в большей части Москвы. Тимофеев обвинил сына Иванькова Эдика в том, что тот ему «недодал» $300 тысяч. Дальнейшие события произошли в сентябре 1994 года.

7 июня 1994 года на Новокузнецкой улице у здания «ЛогоВаза» был взорван заминированный автомобиль, в момент когда рядом проезжал Березовский. В результате взрыва погиб водитель Березовского, а он сам получил ранения. Покушение на Березовского вызвало резонанс в СМИ, президент Ельцин заявил о «криминальном беспределе в России», и вскоре «Московский торговый банк» вернул средства Березовскому.

14 июня 1994 года Ольга Жлобинская и несколько человек из преступной группировки Тимофеева были задержаны московским РУОПом. 17 июня была взорвана бомба в офисе «Объединённого банка», основным акционером которого являлся «ЛогоВаз».

13 сентября 1994 года в 19:00 Тимофеев погиб в Mercedes-Benz 600SEC, который был взорван посредством радиоуправляемого устройства, возле здания «Чара-банка» на улице 3-я Тверская-Ямская в Москве у дома № 46. По мнению одного из ближайших сподвижников «Сильвестра», бомба могла быть заложена в машину, когда она находилась в мойке. По оценкам специалистов ФСБ, масса тротилового заряда, прикрепленного магнитом к днищу автомобиля, равнялась 400 граммам. Взрыв произошел как только «Сильвестр» сел в машину и начал разговаривать по телефону. Корпус сотового телефона отбросило взрывной волной на 11 метров.

Убийство «Сильвестра» нанесло колоссальный удар по всей Ореховской ОПГ. Никто тогда точно не знал, кто мог совершить убийство: слишком много у «Сильвестра» было врагов. Возможно, это были «курганские», которые не хотели оставаться на вторых ролях; возможно, «Сильвестру» мстили люди «Глобуса» за убийство их лидера, возможно люди Квантришвили, возможно и Березовский. Некоторые источники утверждают, что Сильвестра заказал сам Япончик или «свои». Наиболее вероятными заказчиками убийства являются Сергей Буторин и Сергей Кирюта.

Сведения о младшем брате Тимофеева обрываются в конце 2008 года. Согласно протоколам, младший брат Сильвестра погиб в результате пожара в квартире на Ленинском проспекте в Москве.

Могила Сергея Тимофеева находится на Хованском кладбище в Москве.

Остался сын, на данный момент проживает в США.

В массовой культуре

Документальный фильм Вахтанга Микеладзе «Чёрная метка Сильвестра» из цикла «Документальный детектив».
Документальный фильм Вахтанга Микеладзе «Чикаго на Борисовских прудах» из цикла «Документальный детектив».
Документальный фильм «Не дожившие до пожизненного заключения» (3 серии) из цикла Вахтанга Микеладзе «Приговорённые пожизненно».
Тимофеев стал прообразом ряда киногероев, среди которых «Рокки» из сериала «Ледниковый период» (актёр Игорь Лифанов) и «Сильвер» из сериала «Банды» (актёр Тагир Рахимов).
Сильвестр также считается одним из прототипов Саши Белого, главного героя телесериала «Бригада». Эту роль сыграл Сергей Безруков.