В 1994 году Найговзина переходит на службу в органы государственной власти. В течение двух лет она работает в Федеральном фонде обязательного медицинского страхования, сначала начальником отдела, затем — начальником управления фонда.
В 1996 году Найговзина начинает свою деятельность в аппарате Правительства РФ. В продолжение нескольких лет она занимает ряд должностей:
помощник первого заместителя председателя Правительства В.В. Илюшина;
помощник заместителя председателя Правительства О.Н. Сысуева;
заместитель руководителя секретариата заместителя председателя Правительства В.И. Матвиенко;
заместитель начальника департамента социального развития аппарата Правительства.
В 2003-2008 годах Найговзина уходит из Правительства и работает заместителем начальника Экспертного управления президента РФ.
Однако в 2008 году возвращается в Правительство и занимает пост директора департамента социального развития.
7 декабря 2012 года Найговзина назначена заместителем руководителя аппарата Правительства. Организует работу структурных подразделений по вопросам реализации государственной политики в области социального развития и демографии, а также курирует фармацевтическую отрасль.
Нелли Найговзина занимает также должность заведующей кафедрой общественного здоровья и здравоохранения Московского государственного медико-стоматологического университета. Она ведущий научный сотрудник в лаборатории экономических проблем здравоохранения Центра фундаментальных исследований Высшей школы экономики.
Найговзина входит в состав координационного совета при президенте РФ по реализации национальной стратегии действий в интересах детей на 2012-2017 годы.

Награды

У Нелли Найговзиной множество наград:
орден Почета;
медаль ордена «За заслуги перед Отечеством» I степени;
Европейский орден Николая Пирогова Европейской Академии естественных наук;
медаль «За заслуги перед отечественным здравоохранением»;
знак «Отличник здравоохранения»;
знак «Изобретатель СССР»;
Почетная грамота аппарата Правительства РФ.
Кроме того, в сентябре 2003 года Найговзина получила почетное звание «3аслуженный врач РФ». Она также лауреат премии Правительства РФ в области науки и техники.