В 1955—1957 годах — штурман дизель-электрохода «Лена». Участвовал в первой советской Антарктической экспедиции, в строительстве станции Мирный в 1956 году.
С 1957 года работал младшим научным сотрудником, начальником сектора в Центральном научно-исследовательском институте морского флота (ЦНИИМФ).
В 1961—1966 годах — инструктор отдела транспорта и связи Ленинградского обкома КПСС, курировал морской и речной флот.
В 1966 году временно ушёл с партийной работы в Ленинградский институт водного транспорта (ЛИВТ), где создал сектор проектирования судов типа «река — море» и факультет судоводителей для этих судов. Избран секретарём парткома ЛИВТ. В 1972 году назначен директором ЦНИИМФ.
С 1974 года — первый секретарь Смольнинского райкома КПСС Ленинграда, позже стал заведующим отделом науки и учебных заведений в Ленинградском обкоме. С 1979 года работал секретарём Ленинградского горкома, с 1982 года — вторым секретарём обкома КПСС.
21 июня 1983 года был избран председателем исполнительного комитета Ленинградского городского Совета народных депутатов.
В годы работы на этой должности В. Я. Ходырев большое внимание уделял проблеме транспортной инфраструктуры города. Так, в этот период были открыты новые станции метрополитена: «Площадь Александра Невского-2», «Проспект Большевиков», «Пионерская», «Улица Дыбенко», «Рыбацкое», «Озерки», «Проспект Просвещения». Обновлён аэровокзал «Пулково-2». Началось строительство комплекса защитных сооружений Ленинграда от наводнений. Кроме этого, построены новые учебные корпуса Ленинградского государственного университета. Начата передача храмов Ленинграда верующим. Приняты первые постановления о возвращении улицам города исторических наименований. Созданы первые совместные предприятия: «Лентэк», «Ленимпэкс», «Ленвест». Зарегистрирована первая Ассоциация коммерческих банков. Установлен памятник М. В. Ломоносову на Менделеевской линии.
3 апреля 1990 года освобождён от работы в соответствии с личным заявлением.
Избирался депутатом Верховного Совета СССР 10-го и 11-го созывов (1983—1989), членом ЦК КПСС (1986—1990).
В 1996 году баллотировался на пост губернатора Санкт-Петербурга, по результатам голосования занял 7-е место.
В 2008 году выдвигался городским Законодательным Собранием на звание Почётного гражданина Санкт-Петербурга. Однако незадолго до голосования В. Ходырев снял свою кандидатуру, объяснив это тем, что поскольку самая многочисленная фракция «Единая Россия» будет голосовать за своё предложение, он не считает возможным, чтобы представление некоторых заслуженных граждан города в третий раз не получило поддержки в ЗАКСе. В том году Почётными гражданами были избраны генеральный директор ОАО «Метрострой» В. Н. Александров, академик Н. П. Бехтерева и футбольный тренер Д. Адвокат.
С 2011 года — президент некоммерческого партнёрства «Транспортный союз Северо-Запада» — добровольного объединения юридических лиц, отраслевых союзов и ассоциаций всех видов транспорта, транспортного строительства, дорожного хозяйства и экспедиторов, желающих своими усилиями способствовать осуществлению целей консолидации и координации деятельности транспортников Северо-Запада России по защите членов партнёрства в государственных и муниципальных органах власти, органах управления, международных организациях и объединениях, повышению конкурентоспособности предприятий транспортного комплекса и связи, защиты экономических и финансовых интересов партнёрства.
Действительный государственный советник Санкт-Петербурга III класса. Кандидат технических наук. Автор ряда изобретений. Академик Санкт-Петербургской инженерной академии и Международной академии человека и экологии. Председатель Санкт-Петербургского общественно-политического движения транспортников; член Президиума Союза промышленников и предпринимателей Санкт-Петербурга; член Союза российских судовладельцев; член Морского собрания Санкт-Петербурга; член Президиума общественного движения «Промышленность Санкт-Петербурга»; сопредседатель Всероссийского земского союза; Председатель правления СРО НП «ЭнергоСтандарт».
Награждён правительственными наградами — двумя орденами Трудового Красного Знамени, орденами «Знак Почёта», Октябрьской Революции, Дружбы народов, орденом Почёта, многими медалями, а также орденом Сергия Радонежского III степени.
