Размеры первой взлётно-посадочной полосы (ИВПП 03/21) составляли 1500×40 м.

В 1980-е годы из аэропорта г.Геленджик выполнялось до 34 рейсов в день. В 1990-е годы пассажиропоток значительно уменьшился, аэропорт обслуживал к 2000 году 1 рейс в день в Москву. С 2004 года аэропорт фактически не работал.

Новый аэропорт

В 2004 году было принято решение о коренной реконструкции аэропорта Геленджик, которое предусматривает строительство нового аэровокзального комплекса и новой взлётно-посадочной полосы (ИВПП 01/19) размерами 3100х45 м, благодаря которой аэропорт сможет принимать самолеты производства Boeing и Airbus, а также российского производства типов Ту-154, Як-42, Ту-204. Пропускная способность аэродрома должна составить 8 взлётно-посадочных операций в час, взлёт и посадка односторонняя (со стороны моря). В некоторых источниках указывается ширина ВПП 60 м, эта цифра получается за счет прибавления к ширине ВПП (45 м) ширины двух укрепленных обочин (2х7,5 м). С этой целью были уничтожены сотни гектаров виноградников, снесено десятки дачных участков, а также ликвидированы многие детские летние лагеря и круглогодичные санатории.

Завершение реконструкции планировалось на 2007 год. Аэродромная часть была готова в 2008 году, первая техническая посадка и взлет воздушного судна на новой ВПП были выполнены 25 декабря 2008 (Як-42 авиакомпании «Авиационные линии Кубани»). В связи с задержками в строительстве аэровокзального комплекса было принято решение открыть аэропорт с временным аэровокзалом, оборудованным в здании, первоначально предназначавшемся для грузового терминала.

29 мая 2010 года реконструированный аэропорт принял первый регулярный рейс (а/к «Аэрофлот», рейс СУ705 Москва—Геленджик, самолёт Airbus A320 VP-BWE «Н. Римский-Корсаков»).

Временный аэровокзал принимает только внутренние рейсы, его пропускная способность составляет 140 пасс./ч. Ведется проектирование нового терминала площадью около 5000 м². Новое здание аэровокзала будет обладать пропускной способностью 314 пасс./ч. Терминал будет представлять собой двухэтажное здание, на втором этаже которого расположатся технические помещения. Новый аэровокзал будет рассчитан на обслуживание только внутренних рейсов. По словам гендиректора «Базэл Аэро» Леонида Сергеева строительство объекта начнется в 2017 г. Новый пассажирский терминал должен будет принять первых пассажиров в конце 2018 г.

Существующий временный аэровокзал планировалось переоборудовать в грузовой терминал.

С момента открытия аэропорта в 2010 году за 4 года им было обслужено около 800 000 пассажиров и более 10 000 рейсов

Ближайшие аэропорты находятся на расстоянии 83 км (Анапа) и 170 км (Краснодар).

В 2004 году был закрыт на реконструкцию, в ходе которой была построена новая взлетно-посадочная полоса и временный аэровокзальный комплекс. Вновь открылся для регулярного пассажирского сообщения 29 мая 2010 года. Управление аэропортом осуществляет «Базэл Аэро», входящее в состав ФПГ «Базовый Элемент».

29 мая 2010 года реконструированный аэропорт принял первый регулярный рейс авиакомпании «Аэрофлот» из Москвы на самолёте Airbus A320.

Аэропорт Геленджик способен принимать самолёты Ан-24, Ан-26, Ан-72, Ан-74, Ан-148, Ил-62, Ил-76, Ил-96, Ту-134, Ту-154, Ту-204, Ту-214, Як-40, Як-42, Airbus A319, Airbus A320, Airbus A321, ATR 42, ATR 72, Boeing 737, Boeing 757, Bombardier CRJ 100/200, Embraer EMB 120 Brasilia и все более лёгкие, а также вертолёты всех типов. Взлёт и посадка высокошумных самолётов Ту-134, Ту-154, Ил-76, Ил-62 запрещены ежедневно в период 19.00—03.00 UTC.

В Геленджике также действует гидроаэропорт.