В 1998 году переходит на новое место работы: назначается консультантом Комитета по печати, информации и связям с общественными объединениями Администрации Президента и Правительства Бурятии.

В 2006 году Н. Будуев становится помощником депутата Государственной Думы России В. Ф. Кузнецова.

С 2010 года Будуев руководит Информационно-аналитическим центром Администрации города Улан-Удэ

В 2012 году Николай Робертович назначается генеральным директором издания «МК в Бурятии».

В 2014 году Будуев побеждает на выборах депутаты Улан-Удэнского городского Совета V созыва.

28 апреля 2015 года Николай Будуев принял участие во II Медиафоруме независимых региональных и местных СМИ «Правда и справедливость», где он рассказал Президенту России Владимиру Путину о чрезмерно раздутых зарплатах чиновников в регионах, в частности, в Бурятии:

— Они себе там чартеры заказывают, домики строят за 100 миллионов рублей и так далее. Полет фантазии безграничен, — сказал Будуев президенту и попросил ускорить процесс регламентации расходов на содержание чиновников.

Президент Путин согласился с Будуевым и отметил, что многое сейчас законодательством отнесено на региональный уровень, но какие-то общие рекомендации по содержанию чиновников должны быть.

— Минфину уже поручено при решении вопросов об оптимизации расходов регионов обращать внимание на эти вещи. Но невозможно себе представить, что мы не индексируем какие-то выплаты в социальной сфере, а при этом зарплаты чиновников резко увеличиваются — такого, конечно, быть не должно, — сказал Путин.

Президент также добавил, что зарплата губернатора региона не должна в несколько раз отличаться от средней зарплаты в регионе, которым губернатор управляет.

Весной 2016 года Николай Будуев участвует в партийном праймеризе «Единой России» по Бурятии, по итогам которого он включен в партийный список на выборах в Государственную Думу VII созыва 18 сентября 2016 года от Республики Бурятия.

18 сентября 2016 года по итогам голосования партия «Единая Россия» занимает первое место по Бурятии.

В связи с тем, что Председатель правительства России Дмитрий Медведев отказался от депутатского мандата, решением Центральной избирательной комиссии РФ его мандат был передан Николаю Будуеву.