Его жена Лалла Сальма (Lalla Salma) принадлежит к влиятельному в Марокко арабскому клану Беннани. Сын короля Мухаммеда VI Мулай Хасан, который родился в мае 2003 года, является наследником марокканского престола. 1 марта 2007 года у королевской семьи родилась дочь. Принцесса получила имя Лалла Хадижа (Lalla Hadija).

Руководство страной

Одними из первых актов Мухаммеда VI стала амнистия политзаключённым и увольнение министра внутренних дел Дриса Басри, символизировавшего репрессии и власть тайной полиции при предыдущем короле. Крупные амнистии были объявлены королём также 2003 и в 2005 годах.

В 2005 году Мухаммед VI объявил о программе развития человеческого потенциала в стране, в первую очередь в виде борьбы с бедностью. Изначально на программу было выделено 13 млрд дирхамов на 5 лет (2006—2010), программа затронула около 5 миллионов марокканцев (в том числе позволила создать 40 000 новых рабочих мест). Учитывая достигнутые успехи, решено продлить программу до 2015 года с увеличением её финансирования.

В 2007 году король назначил главой Консультативного совета по правам человека (КСПЧ) бывшего политзаключённого Ахмеда Херзенни. Ему была поручена масштабная программа в области информирования подданных по данной теме и реабилитации жертв политических репрессий.

В 2009 году Мухаммед VI отпраздновал 10-летие своего правления. По оценкам западных наблюдателей, за это время страна существенно продвинулась к значительно более мягкой форме авторитаризма по сравнению с режимом его отца Хасана II Гражданские права многих групп населения, например, женщин, были расширены, заметно улучшилась ситуация в области соблюдения прав человека и свободы прессы (особенно в сравнении с другими странами африканского и арабо-мусульманского региона), страна добилась больших успехов в социально-экономическом развитии. Однако имеется и существенная критика в связи с массовой коррупцией, бедностью, недостаточными темпами реформ в области прав человека и другими проблемами. В частности продолжаются преследования СМИ, пытки и произвольные задержания. Коррупция не только не снижается, но даже усиливается, более 40 % населения остаются неграмотными, в докладе об индексе человеческого развития ООН Марокко занимает 126 место.

В 2011 году по инициативе короля Мухаммеда VI проведена конституционная реформа, в соответствии с которой расширены полномочия парламента и премьер-министра страны, гарантированы независимость судебной системы, основные права и свободы граждан. Берберский язык получил статус официального наряду с арабским. Также в Основной закон страны включены положения по расширению местного самоуправления, социальным вопросам и борьбе с коррупцией.

Контакты с российским руководством

С 14 по 18 октября 2002 года состоялся официальный визит Короля Мухаммеда VI в Россию, в ходе которого прошли его переговоры с Президентом Российской Федерации В. В. Путиным. Главы двух государств подписали Декларацию о стратегическом партнерстве между Российской Федерацией и Королевством Марокко и ряд других документов.

Ответный официальный визит Президента Владимира Путина в Марокко и его переговоры с Королём Мухаммедом VI состоялись 7 сентября 2006 года. В ходе визита было подписано шесть межгосударственных документов.

Мухаммед VI посетил Россию с рабочим визитом 15—16 марта 2016 года. В ходе визита он встретился с Президентом России Владимиром Путиным и Председателем правительства Дмитрием Медведевым. Так же был подписан ряд российско-марокканских документов о сотрудничестве в области развития инвестиций, противодействия терроризму, защиты секретной информации, транспорта, экологии, туризма, в гуманитарной сфере