С 1996 по 1999 годы – Заместитель гендиректора – ОАО «Мордовнефтепродукт»
С 1999 по декабрь 2007г. занимал должность Генерального директора ОАО «Мордовнефтепродукт».
В 2006 году часть акций «Мордовнефтепродукта» была продана «Инвестиционной компании А1» (Альфа-Групп). По состоянию на лето 2007 года Ивану Меркушину принадлежало 37,9% уставного капитала. Компании. Сейчас акции находятся в номинальном держании. Выручка «Мордовнефтепродукта» в 2009 году – 367,9 млн руб., чистый убыток – -87,4 млн руб.
С 2007 года по настоящее время – Генеральный Директор ООО «Мордовская топливная компания», которой принадлежит несколько десятков АЗС в республики.
Акционерами ООО «Мордовская топливная компания» помимо Ивана Меркушкина являются младший сын президента республики Алексей Меркушкин, Равиль Матеев и Меркушкин Андрей Иванович. Выручка «Мордовской топливной компании» в 2009 году – 103,5 млн руб., чистая убыток – -26 млн руб,
С 2004 года по настоящее время – Член Совета Директоров – АКБ «Мордовпромстройбанк». Владеет 7,38% акций банка.
Брат — Меркушкин Александр Иванович — Владелец и руководитель ОАО «Саранскстройзаказчик», Совладелец и член совета директоров ОАО «Мордовцемент», Совладелец АКБ «Актив Банк»
Племянник — Меркушкин Алексей Николаевич — Генеральный директор «Ламзурь С», акционер доли «Инвест-Альянс, Президент баскетбольного клуба «Рускон-Мордовия»
Племянник — Меркушкин Александр Николаевич — Гендиректор «Консервный завод «Саранский», владеет долей ООО «Маслопродукт», ООО «Верхисское»
Племянник — Меркушкин Сергей Александрович — Первый вице-президент холдинговой компании «Саранскстройзаказчик», член совета директоров ОАО «Мордовцемент»
«Столице С» стало известно об указании Следственного департамента МВД России (входит в центральный аппарат МВД РФ) провести дополнительную автотехническую экспертизу по делу о ДТП с участием «Мерседеса ЭмЭль 350» и «Форда Мондео» на улице Осипенко в Саранске.
Как ни парадоксально, но до последнего времени в самом центре России существовало сбытовое предприятие, которое не принадлежало ни одной ВИНК и контролировалось государством. Это ОАО «Мордовнефтепродукт», работавшее, соответственно, в пределах Республики Мордовия. Руководит «Мордовнефтепродуктом» Иван Меркушкин — брат главы Мордовии Николая Меркушкина.
Еще один брат главы — Иван Иванович Меркушкин — генеральный директор ОАО «Мордовская топливная компания». Он же, кстати, владелец 7,4% акций ОАО КБ «Мордовпромстройбанк» и член совета его директоров.
Двух братьев Николая Меркушкина можно назвать магнатами республиканского масштаба. К примеру, старший брат, Александр Меркушкин, возглавляет крупнейшую строительную компанию региона — ОАО «Холдинговая компания «Саранскстройзаказчик», куда входят десятки дочерних предприятийзавод промстройматериалов, асфальтовый завод, цех по производству окон ПВХ, кирпичный завод.
Примечательно, что с ноября 2011 года в числе совладельцев компании значится комитет по управлению муниципальным имуществом Саранска. Параллельно Меркушкин-старший является генеральным директором ООО «Инвестиционно-строительная компания «Саранскстройинвест», директором ООО «Жилагропромпроект», председателем совета директоров в ОАО «Железобетон», ОАО «Мордовгражданпроект», членом совета директоров в ОАО «Мордовцемент», ОАО «Мордовская ипотечная корпорация». Бизнес младшего брата, Ивана Меркушкина, в основном связан с ООО «Мордовская топливная компания», которой принадлежит несколько десятков АЗС в республике.
Младший и двоюродный братья главы Мордовии Иван Иванович и Николай Алексеевич Меркушкины «немного» беднее. Первый возглавляет ОАО «Мордовнефтепродукт» (кстати, цены на нефтепродукты в мордовском регионе одни из самых высоких по России), а второй начальник треста «Волговятсксельстрой», контролирующее все сельское и энергетическое строительство.