Основными специализациями Афипского НПЗ являются: выпуск дизельного топлива разнообразных марок, производство прямогонного бензина, выпуск топлива для реактивных двигателей ТС-1, судового топлива ИСО-Ф-РМЕ-25, судового маловязкого топлива, сжиженного газа и мазута м-40.