1979 – 1981 – инструктор Ессентукского горкома ВЛКСМ Ставропольского края.
1986 – 1987 – стажер прокуратуры Малокарачаевского района Карачаево-Черкесской автономной области.
1987 – стажер народного судьи Октябрьского райнарсуда г. Краснодара.
1987 – 1990 – стажер, помощник прокурора Советского района г. Краснодара.
1990 – 1992 – народный судья Ленинского райнарсуда г. Краснодара.
1992 – 1993 – народный судья Октябрьского райнарсуда г. Новороссийска.
1993 – 1994 – начальник юридического отдела АОЗТ «Кубань-Прогресс — 93».
1994 – 1995 – старший следователь Ейской межрайонной прокуратуры Краснодарского края.
1995 – 1997 – заместитель Ейского межрайонного прокурора Краснодарского края.
1997 – 2002 – Ейский межрайонный прокурор Краснодарского края.
2002 – 2002 – первый заместитель прокурора Республики Калмыкия.
2002 – 2004 – заместитель начальника управления Генеральной прокуратуры Российской Федерации по расследованию преступлений в сфере федеральной безопасности и межнациональных отношений на Северном Кавказе – начальник отдела по надзору за расследованием преступлений.
2004 – 2004 – прокурор Петродворцового района г. Санкт-Петербурга.
2004 – 2005 – первый заместитель руководителя Департамента судебных приставов Министерства юстиции Российской Федерации.
2005 – 2006 – руководитель Главного управления Министерства юстиции Российской Федерации по Центральному федеральному округу.
2006 – 2006 – руководитель Управления Министерства юстиции Российской Федерации по Центральному федеральному округу
2006 – 2009 – прокурор Южного административного округа г. Москвы
2009 – по февраль 2017 года – заместитель прокурора г. Москвы.

Почетный работник прокуратуры Российской Федерации.Награжден нагрудным знаком «За безупречную службу», медалью Руденко.

Указом президента Российской Федерации № 47 от 02.02.2017 Марков Борис Петрович назначен прокурором Ленинградской области