Владимиру Путину доложили о произошедшем, рассказал РБК пресс-секретарь президента Дмитрий Песков. Президент в момент взрыва работал в Стрельне, пояснил он. Путин приехал в Санкт-Петербург и утром 3 апреля выступил на ежегодном медиафоруме Общероссийского народного фронта. «Я уже разговаривал с руководителями специальных служб, с директором ФСБ. Правоохранительные органы и специальные службы работают, сделают все, для того чтобы выявить причины случившегося, дать полную оценку тому, что произошло», — заявил глава государства на встрече с белорусским президентом Александром Лукашенко. «Естественно, мы всегда рассматриваем все варианты — и бытовые, и криминальные, прежде всего проявления террористического характера», — подчеркнул 

Уголовное дело по ст. 205 УК (террористический акт) в связи со взрывом завел Следственный комитет. По словам официального представителя ведомства Светланы Петренко, в Санкт-Петербург командированы сотрудники Главного управления по расследованию особо важных дел. Собеседник РБК, близкий к руководству СКР, указал, что дело заведено еще и по ст. 223.1 УК (незаконный оборот взрывчатк​и). По данным «Интерфакса», предполагаемый террорист попал в объектив камер видеонаблюдения.

Теракт в Петербурге отчасти напоминает «теракты, которые были в Москве в 2010 году на станциях метро «Лубянка» и «Парк Культуры», отметил в разговоре с РБК глава думского комитета по безопасности Василий Пискарев. По его словам, по характеру разрушений вагонов можно сделать вывод, что взорвалось «безоболочное устройство».

Вечером в понедельник в отделение полиции пришел мужчина, похожий на человека с фотографии, которого СМИ назвали подозреваемым в совершении теракта. «Он увидел себя по ТВ и испугался», — сказал источник РБК в правоохранительных органах. По его словам, мужчина к совершению теракта не причастен. «Интерфакс» отмечает, что, «согласно одной из версий, взрывное устройство в метро Петербурга привел в действие террорист-смертник. По предварительным данным, это 23-летний уроженец Средней Азии».