В 1991 году Нилов назначен на должность заместителя начальника 5 подотдела — отделения по контролю за подготовкой водительских кадров и экзаменационной работы отдела Государственной автомобильной инспекции Службы милиции общественной безопасности (сокращённо ГАИ СМОБ) ГУВД Леноблгорисполкомов. В 1994 года возглавил 1-й отдел УГАИ СМОБ ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области.

С 1996 года по 1998 год занимал должность начальника Центра телеавтоматического управления движения автотранспорта УГАИ ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области, а с 1998 года по 2000 год вновь был назначен на должность начальника 1-го отдела УГАИ МОБ ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области.

В 2000 году Нилов стал заместителем начальника Управления ГИБДД Санкт-Петербурга и Ленинградской области по регистрационно-экзаменационной работе. После того, как руководитель управления Виктор Кирьянов в октябре 2001 года покинул этот пост в связи с назначением на вышестоящую должность заместителя начальника Главного управления ГИБДД МВД России, Нилов в течение несколько недель исполнял обязанности начальника управления. Были озвучены предположения, что он останется на этой должности, однако 22 октября 2001 года управление возглавил подполковник милиции Сергей Бугров.

До 2002 года Нилов — заместитель начальника Управления, по регистрационно-экзаменационной работе, службе автотехнической инспекции УГИБДД МОБ ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области. С 2002 года по 2003 год он занимал должность заместителя начальника УГИБДД МОБ ГУВД Санкт-Петербурга и Ленинградской области, а с 2003 года по 2007 год — должность заместителя начальника Управления — начальника 3-го отдела.

Как отмечали СМИ, работая в Санкт-Петербурге, Нилов неоднократно негативно отзывался о практике размещения рекламы на городских улицах, отвлекающей, по его мнению, водителя от дороги, а также выступал с различными инициативами касательно решения проблемы пробок в городе: предлагал строить подземные пешеходные переходы и новые дороги, по возможности изменять планировку уже существующих дорог, перемещая «линию тротуаров». Новшества по улучшению дорожной ситуации у европейских стран Виктор Иванович призывал копировать с осторожностью.

В 2007 году Нилов был переведён на работу в Москву, где стал помощником начальника Департамента обеспечения безопасности дорожного движения (сокращённо ДОБДД) МВД России по кадрам; в этот период времени департаментом руководил Кирьянов, с которым Нилов уже ранее работал в Санкт-Петербурге. В 2008 году назначен на должность руководителя Управления правового регулирования, межведомственного взаимодействия и международного сотрудничества ДОБДД МВД.

11 января 2009 года Указом Президента Российской Федерации полковник милиции Нилов назначен на должность помощника министра внутренних дел по безопасности дорожного движения, но уже 5 октября того же года он назначается на должность заместителя начальника ДОБДД — начальника Управления анализа и выработки стратегических решений в области обеспечения безопасности дорожного движения; параллельно ему присваивается специальное звание «генерал-майор милиции».

В январе 2011 года Кирьянов покинул пост руководителя департамента и стал заместителем министра внутренних дел по транспортной безопасности; исполнение обязанностей начальника ДОБДД было возложено на Владимира Швецова. В марте 2011 года в ходе реформы МВД департамент был преобразован в Главное управление обеспечения безопасности дорожного движения (сокращённо ГУОБДД). Указом Президента Российской Федерации Дмитрия Медведева от 12 июня 2011 года Нилов был назначен на должность начальника нового управления, этим же указом ему было присвоено специальное звание «генерал-майор полиции».

14 мая 2012 года Указом Президента Российской Федерации Нилову было присвоено специальное звание «генерал-лейтенант полиции».

29 марта 2017 года Указом Президента Российской Федерации Нилов был освобождён от должности начальника Главного управления по обеспечению безопасности дорожного движения Министерства внутренних дел Российской Федерации.

Награды

орден Почёта;
другие государственные и ведомственные награды.

Оценки деятельности

Заместитель председателя Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации (2004—2013), губернатор Владимирской области (с 2013 года) Светлана Орлова характеризовала Нилова как «замечательный пример высокого профессионала, знающего свое дело до малейших деталей, прекрасно видящего перспективы и все подводные камни исключительно непростой сферы — обеспечения безопасности на дорогах».

Комментируя назначение Нилова на должность руководителя ГУОБДД, руководитель Госавтоинспекции в 1992—2002 годы Владимир Фёдоров положительно отозвался о генерале, назвав его профессионалом и порядочным человеком, прошедшим «большой путь в организации движения». «Думаю, если будет продолжать то, что сделано, будет самое лучшее», — выразил он надежду. В то же время лидер организации «Движение автомобилистов России» Виктор Похмелкин высказал мнение, что никаких «системных изменений» с приходом генерала ожидать не приходится, поскольку он сам «из этой системы». «Понятно, что Кирьянов постарался, чтобы назначили человека, который лоялен и будет сохранять то, что было при нем. А значит, никаких изменений не произойдет», — заявил он.

Журналист общественно-политического интернет-издания «Газета.Ru» Евгений Шипилов отмечал, что Нилов прослыл «жёстким руководителем, однако в поле зрения СМИ попадал крайне редко и иногда появлялся на страницах изданий с короткими информационными сообщениями».