В трудные перестроечные студенческие годы подрабатывал на овощебазах, на хладокомбинате, в студенческом кооперативе по мытью окон. Организовал поиск заказов на мытьё окон за процент от стоимости работ.

На четвёртом курсе занялся оптовой торговлей аудио–видео техникой и её поставкой в крупные московские универмаги. Открыл свою компанию по продаже техники, расширив её ассортимент. Коммерческий директор ООО «Темпинвест» (1991—1995) и генеральный директор ООО «Эластика» (1995—1998). Фирмы прекратили существование в кризис 1998 года.

На средства, оставшиеся после сворачивания бизнеса, создал компанию «Теремок — Русские блины» (1998). Идея нового бизнеса возникла у Гончарова по аналогии с блинными киосками в Париже, и понимания отутствия конкуренции на этом рынке в России. В длительной поездке во Францию, посвящённой изучению бизнеса, узнал в местных киосках и ресторанах рецепты и способы приготовления блинов, состав теста и добавляемых начинок. Отказался от франшизы марки «Crêpes de France» на Россию, построив собственную схему бизнеса.

После того, как письмо Гончарова с бизнес-планом компании попало к Юрию Лужкову, Мэрия Москвы дала разрешение поставить на Масленицу первые два киоска на колесах (1998). С 2003 года фирма Гончарова стала открывать блинные рестораны на фуд-кортах торговых центров. К середине 2017 года в ресторанной сети, созданной Гончаровым, действовали 300 точек в России и две в Нью-Йорке с годовым оборотом более 8 миллиардов рублей.

В 2011 году по версии CNN «Теремок» попал в ТОР-8 лучших компаний быстрого питания.

Падение доходов, продолжающееся последние три года, заставляют сеть сокращать издержки, закрывая убыточные точки. Если запланированный на 2018 год рекламный бюджет не поможет, «это конец», — написал в своём Твиттере Гончаров (2017).