В 1999 году завершил обучение в очной адъюнктуре Нижегородской академии МВД России.

В 2000 году во ВНИИ МВД России защитил диссертацию по проблемам специальных мероприятий и агентурно-оперативного контроля на объектах систем вертикально интегрированных нефтяных компаний. Защита проходила в «закрытом» диссертационном совете. Научный руководитель — доктор юридических наук, профессор Фальченко Александр Александрович.

С августа 1992 по май 2009 года — служба на оперативно-начальствующих должностях органов внутренних дел.

После защиты диссертации работал преподавателем кафедры оперативной работы ОВД Нижегородской академии МВД России.

С февраля по декабрь 2001 года руководил подразделением Главного управления по борьбе с экономическими преступлениями МВД России.

С декабря 2001 по октябрь 2003 года — начальник подразделения по взаимодействию и координации деятельности криминальной милиции Управления координации Службы криминальной милиции МВД России.

С 2003 года по июль 2005 года — начальник подразделения по обеспечению деятельности Первого заместителя Министра, затем Министра внутренних дел Российской Федерации.

С июля 2005 года по декабрь 2008 года — руководитель референтуры министра внутренних дел Российской Федерации Рашида Нургалиева.

Политика

Вице-губернатор Кировской области

В мае 2009 года Сергей Карнаухов был приглашён вновь назначенным губернатором Никитой Белых на должность заместителя председателя правительства Кировской области по противодействию коррупции и безопасности. По распределению компетенции между заместителями председателей правительства Кировской области к полномочиям Карнаухова были отнесены следующие вопросы: административная реформа; выработка регламентов государственных функций; региональная комиссия по банкротству предприятий; разрешение кризисных ситуаций на крупных предприятиях области; выплата задолженности по заработной плате; контрольно-ревизионный блок; взаимодействие с правоохранительными органами; защита населения; ликвидация химического оружия; строительство социальной инфраструктуры вокруг завода по ликвидации химического оружия; радиационная безопасность; локализация захоронений опасных отходов; ветеринария; государственный технический надзор; разрешение конфликтных ситуаций с общественными движениями и группами и др.

В мае 2010 года Белых перевёл Карнаухова в Москву руководить представительством Кировской области в столице. Официальная причина «по семейным обстоятельствам». Сам Белых, отвечая на вопросы в программе В. Познера на «Первом канале», сказал: «Человек приехал из Москвы, и сейчас по личным обстоятельствам он должен вернуться в Москву, я не хочу вдаваться в подробности. Он остаётся работать в команде в качестве заместителя, но как раз курирующий работу в Москве. То есть есть представительство в Москве созданное и есть работа, связанная с федеральными органами, и эту работу он ведёт».

Существует предположение, что, затеяв в регионе ряд громких дел и разоблачений, в том числе по скандальному «делу Кировлеса», Карнаухов стал мешать Белых, представляя для него угрозу. С этим стыкуются другие версии появления Сергея Карнаухова в команде Белых, связанные с его прошлой работой в федеральных силовых ведомствах. Одна из них звучит следующим образом: Сергей Карнаухов приставлен к команде Белых, на тот момент единственного в России губернатора-не единоросса, губернатора-либерала, в качестве куратора из центра. Формально в Кирове он занимался вопросами борьбы с коррупцией и вопросами безопасности. По версии дипломатических работников США, озвученной в обнародованных документах в рамках проекта Викиликс Джулиана Ассанджа, «Сергей Карнаухов, отставной генерал МВД, теперь советник губернатора в отношении службы безопасности. У него нет давнишних отношений с остальной частью правительства, но Белых доверяет ему».

В 2009 году выступил с инициативой установки памятника академику А. Д. Сахарову в городе Кирове. Несмотря на поддержку данной инициативы местных жителей, с резкой критикой проекта С. С. Карнаухова выступила супруга Сахарова Елена Боннэр в своих открытых письмах призвала блокировать инициативу.

Во время «кировского периода» Карнаухов начал свою писательскую деятельность и впоследствии издаёт сборник лирических рассказов «Любовь на языке Брайля».

Вице-губернатор Калининградской области

В сентябре 2010 года Карнаухов был переведён на новое место работы на должность заместителя председателя правительства Калининградской области по реализации крупных инвестиционных проектов. К его полномочиям были отнесены вопросы: поиска и реализации крупных инвестиционных проектов; разработки и продвижения региональных нормативных правовых актов по обеспечению инвестиционной привлекательности области; выработки механизмов преодоления административных барьеров, снижающих экономическую активность в регионе; взаимодействия с отраслевыми министерствами, агентствами и службами. На своём посту в Калининграде курировал: Министерство развития инфраструктуры; Министерство сельского хозяйства; Агентство по охране окружающей среды и воспроизводству леса; Службу ветеринарии; Агентство по туризму; Агентство по рыбному промыслу; Агентство по связи и информатизации.

Новое назначение на аналогичную должность, только в Калининградской области, заставило задуматься над более глубокой ролью Сергея Карнаухова, которую он играет во властных структурах. Так, была озвучена версия, что его приставляют к разным губернаторам. А конкретно с калининградским назначением появляется версия, что Карнаухов приехал в регион по приглашению назначенного в это же время губернатора Калининградской области Николая Николаевича Цуканова «отбивать атаки силовых структур на будущего главу региона».

В начале июля 2011 года Карнаухов уволился с должности зампреда Калининградской области. Официальная версия — рождение четвёртого ребёнка.

Конфликты

Инициатор дела Навального

С появлением в 2009 году в Кировской области Сергея Карнаухова в регионе начался ряд уголовных процессов и проверок госзакупок.

Одним из самых резонансных стало «дело Кировлеса», где обвиняемыми проходили чиновники правительства Кировской области и особо приближённые к губернатору Никите Белых. Это дело за счёт того, что одним из главных фигурантов в нём стал оппозиционер Алексей Навальный, приобрело общероссийский масштаб. Его инициатором стали называть Сергея Карнаухова. В 2011 году Карнаухов открыто выступал с разоблачающими заявлениями о своей причастности к инициированию уголовного дела в отношении Навального в 2009 году.

Через два года, в июле 2013 года, Сергей Карнаухов заявил, что обжалует решение Кировского облсуда об освобождении Навального под подписку о невыезде.

Визит в Армению

В августе 2013 года Карнаухов и ставшая известной за счёт шпионского скандала Анна Чапман в составе российской делегации журналистов и общественных деятелей посетили Армению и Арцах. Сергей Карнаухов подчеркнул, что его визит в Республику Арцах, помимо всего прочего, призван оградить НКР и Армению от посягательств Азербайджана и США. «Армении надо быть начеку — с точки зрения американской геополитики — Армения является „страной-мишенью“, которую легко поразить», отметил Карнаухов. По его словам, именно сейчас необходима консолидация здоровых сил общества как в Армении, так и в России, чтобы противостоять развитию ситуации по американскому сценарию.

Во время общественно-политической поездки в Армению Карнаухов был внесён в чёрный список Азербайджана как персона нон грата.

Роль в российской политике

Несмотря на последующие опровержения инициации дела Навального, Карнаухов приобрёл негласный статус «агента Кремля», которого приставляют к губернаторам, не вызывающим особого доверия у федеральной власти. Так по версии журнала New Times: «Полтавченко имел возможность расставлять в областных администрациях нужных ему замов. Но совсем не в коммерческих интересах. Вице-губернаторы, рекомендованные Полтавченко, прикреплялись к губернаторам на местах совсем с другой целью: мониторить ситуацию изнутри и при необходимости выполнять щепетильные просьбы Службы…Речь идёт о Сергее Карнаухове, бывшем вице-губернаторе Калининградской и ранее Кировской областей». По утверждению журнала Forbes, Карнаухова «…прикомандировали контролировать команду Белых. В пользу этого говорит прошлое место работы Карнаухова — департамент экономической безопасности МВД и его специализация: кандидатская посвящена особенностям агентурного проникновения в международные нефтяные компании».

Уход от внутриполитической деятельности

С августа 2011 года по настоящее время занимается общественной и научно-педагогической деятельностью. Работает в должности доцента кафедры правового обеспечения рыночной экономики ИГСУ РАНХИГС при Президенте Российской Федерации.

В августе 2011 года, являясь заместителем председателя правления Российского клуба православных меценатов, отвечал за строительство православного обыденного храма в городе Калининграде.

Восстановление Спасо-Андроникова монастыря

Начиная с 2011 года инициирует восстановление древнейшей московской православной обители — Спасо-Андроникова монастыря. В 2017 году выступил с инициативой переименования метро Площадь Ильича в метро «Андрея Рублева». Инициатива была поддержана Русской Православной Церковью. Позже отклонена Правительством Москвы со ссылкой на отсутствие правовой основы подобного решения. В течение 2016—2017 года образованное по его инициативе Московское движение возрождения Спасо-Андроникова монастыря стало площадкой по проведению публичных и общественных мероприятий, направленных на обсуждение проблемы возрождения монастыря и гармонизации отношений с музейным сообществом (на территории Спасо-Андроникова монастыря в настоящее время расположен Центральный музей древнерусской культуры и искусства имени Андрея Рублева). 22 мая 2017 года в Российской Академии народного хозяйства и государственной службы прошла конференция-выставка «Град Небесный — град земной: монастыри в жизни Церкви и государства Российского» (на примере Спасо-Андроникова монастыря). На ней академик Российской Академии художеств Салават Щербаков представил проект мемориала Некрополя Спасо-Андроникова монастыря. И уже 4 июня 2017 года в Спасо-Андрониковом монастыре Москвы прошла церемония открытия закладного камня, созданного скульптором Салаватом Щербаковым мемориала всем воинам, полководцам, монахам, а также представителям аристократических кругов, нашедших упокоение в местном некрополе и похороненным в этой обители за 660 лет её существования.

Семья

Сергей Карнаухов женат, у него четверо детей: Антон (1994 г.р.), Сергей (2000 г.р.), Мария (2003 г.р.), Даниэла (2011 г.р.)

Супруга — российский дизайнер Лена Карнаухова. В 2014 году она образовала общественное объединение «Альянс российских арт-инженеров», став одним из учредителей Российской Палаты Моды. Является одним из наиболее ярких представителей авангардной инженерии российской модной индустрии.

Сергей Карнаухов, по утверждению близких, является глубоко верующим человеком (православие).

Награды

Ветеран боевых действий (Чеченская Республика).
24 апреля 2008 года награждён медалью ордена «За заслуги перед отечеством» 2 степени.
Награждён нагрудным знаком «За отличную службу в Полиции» за большой личный вклад в дело укрепления международного сотрудничества в борьбе с преступностью и взаимных связей между Полицией Республики Армения и Министерством внутренних дел Российской Федерации.
Награждён медалью Полиции Армении «За укрепление сотрудничества».
Публикации
«Закрытые» (секретные) лекции, учебные и методические пособия, статьи по проблемам реализации специальной компетенции государства в сфере экономики;
Карнаухов С. С. Развитие мультидивизиональных структур нефтяных компаний России и некоторые направления совершенствования деятельности аппаратов по экономическим преступлениям органов внутренних дел // Проблемы юридической науки и практики в исследованиях адъюнктов и соискателей: Сборник научных трудов. Выпуск 3. — Н.Новгород, Нижегородский юридический институт МВД РФ. 1997. С.53-59;
Карнаухов С. С. Развитие мультидивизиональных структур нефтяных компаний России и некоторые проблемы правоприменительной практики // Рабочие записки молодых учёных и преподавателей гуманитарных наук вузов Нижегородской области. № 1. — Н.Новгород, 1997. С. 46-53;
Карнаухов С. С. (в соавторстве) Организация и тактика деятельности подразделений по экономическим преступлениям на объектах нефтехимического бизнеса: Учебное пособие. — Уфа: Высшая школа МВД РФ, 1997. — 3,3 п.л.;
Карнаухов С. С. Проблемы устранения криминального контроля над экономикой // Государственное регулирование экономики: региональный аспект: материалы Второй международной научно-практической конференции (19-22 мая 1999 года). — Изд-во Нижегородского госуниверситета, 1999. — Т. 1. — С. 34.
Карнаухов С. С. Нефть и криминал. Нефтегазовая вертикаль № 2 (39), февраль 2000;
Карнаухов С. С., Сереброва С. П., Томин В. Т. Образцы процессуальных документов: досудебное производство / отв. ред. Н. Г. Соловьёв.- М.: Юрайт, 2001.- 349 с.
Оперативно-розыскная деятельность и уголовный процесс: Учебно-практическое пособие / Авт.кол.: А. В. Земскова, Е. В. Садков, С. С. Карнаухов и др.; Под общ. ред. В. В. Черникова, В. Я. Кикотя; Главное правовое управление МВД России; ВНИИ МВД России. М.: Инфра-М,2002. −86 с;
Карнаухов С. С. Формирование юридической теории безопасности государственности в контексте новых вызовов и угроз // Вестник Академии экономической безопасности МВД России. — М., 2008, № 1. — С. 58-64;
Карнаухов С. С. «Интересы или ценности»: основная проблема исследований безопасности как государственно-правового феномена // История государства и права. — М.: Юрист, 2009, № 7. — С. 18-21;
Карнаухов С. С. Анализ элементов современного наркобизнеса как угрозы безопасности Российского государства [Электронный ресурс] / С. С. Карнаухов // Наркоконтроль. — 2010. — № 1. — С. 6-7. — Режим доступа: Система Консультант Плюс.
Карнаухов С. С. Проблема использования действующего резерва в разведывательно-поисковой работе // Оперативно-розыскная работа, 2004. № 3
Карнаухов С. С., Иванова Д. И. Международное сотрудничество правоохранительных органов в сфере предупреждения терроризма // Вестник МВД РФ, 2007. № 4
«Любовь на языке Брайля: Рассказы» опубликован в 2010 году.