1985—1991 годы — председатель Приозерского горисполкома, первый секретарь Приозерского городского комитета Коммунистической партии Советского Союза, заведующий отделом сельского хозяйства и пищевой промышленности и аграрным отделом обкома КПСС, первый заместитель председателя Леноблисполкома.
1991—1993 год — заместитель председателя Комитета по внешним связям мэрии Санкт-Петербурга (в то же самое время должность председателя Комитета по внешним связям мэрии занимал Владимир Владимирович Путин).
1993—1999 годы — заместитель руководителя Государственной налоговой службы Российской Федерации — начальник Государственной налоговой инспекции по городу Санкт-Петербург.
В 1999 году выдвигал свою кандидатуру на пост губернатора Ленинградской области (с 8,6 % набранных голосов занял четвёртое место).
1999—2001 годы — заместитель министра Российской Федерации по налогам и сборам — руководитель управления Министерства Российской Федерации по налогам и сборам по Санкт-Петербургу.
2001—2004 год — первый заместитель министра финансов Российской Федерации, исполняющий обязанности председателя Комитета Российской Федерации по финансовому мониторингу.
2004—2007 годы — руководитель Федеральной службы по финансовому мониторингу.
12 сентября 2007 года — Президент России Владимир Путин предложил его кандидатуру на должность Председателя Правительства Российской Федерации и 14 сентября Государственная дума Федерального Собрания Российской Федерации утвердила его в этой должности (за него проголосовал 381 депутат, против — 47, воздержались 8). Оставался на посту до 8 мая 2008 года, пока Государственная Дума не утвердила в этой должности Владимира Путина.
С 4 октября 2007 года по 25 мая 2012 года — постоянный член Совета Безопасности Российской Федерации.
С 15 октября 2007 года по 27 мая 2008 года — председатель Совета министров Союзного государства России и Белоруссии.
С 12 мая 2008 года по 21 мая 2012 года — Первый Заместитель Председателя Правительства Российской Федерации. Курировал в Правительстве РФ вопросы развития агропромышленного комплекса, лесного хозяйства и рыболовства.
С июня 2008 года — Председатель Совета директоров ОАО «Газпром».
С 12 декабря 2008 года по 19 августа 2011 года — Председатель Совета директоров ОАО «Росагролизинг».
С января 2010 года по май 2012 года — заместитель председателя объединённой правительственной комиссии по экономическому развитию и интеграции; руководитель подкомиссии по таможенно-тарифному и нетарифному регулированию, защитным мерам во внешней торговле.
С 7 по 8 мая 2012 года — исполняющий обязанности Председателя Правительства РФ.
С 30 мая 2012 года — специальный представитель Президента России по взаимодействию с Форумом стран — экспортеров газа.
С января 2012 года по март 2014 года — Председатель Правления и генеральный директор ООО «Газпром газомоторное топливо».
Председатель российского Координационного комитета Форума «Петербургский диалог».
Председатель Правления Благотворительного фонда по восстановлению Воскресенского Ново-Иерусалимского ставропигиального мужского монастыря Русской Православной Церкви.
Партийная принадлежность
Член КПСС с 1967 по 1991 год. С 1995 года входил в состав близкой к правительству партии «Наш дом — Россия». В 2000 году занял пост руководителя петербургского объединения партии «Единство». С 2002 года входил в координационный совет движения сторонников партии «Единая Россия», но после выхода из фракции, сторонником которой он официально является, с ней более не был связан. В момент назначения Председателем Правительства России — беспартийный.

Классный чин
Действительный государственный советник Российской Федерации 1 класса
Награды
Орден «За заслуги перед Отечеством» I степени (2012)
Орден «За заслуги перед Отечеством» II степени (19 сентября 2008 года) — за большой личный вклад в проведение экономической политики государства и многолетнюю плодотворную деятельность
Орден «За заслуги перед Отечеством» III степени (9 мая 2006 года) — за большой вклад в защиту экономических интересов Российской Федерации и многолетнюю добросовестную работу
Орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени (11 апреля 2000 года) — за заслуги перед государством и большой вклад в реализацию экономических реформ
наградное холодное оружие — офицерский кортикОрден Трудового Красного Знамени (1981 год)
Орден «Знак Почёта» (1975 год)
Орден Заслуг (Венгрия)
Медаль «Ветеран труда» (1986 год)
Заслуженный экономист Российской Федерации (16 сентября 2001 года) — за заслуги в области экономики и финансовой деятельности
Почётная грамота Правительства Российской Федерации (1998 год)
Почётный гражданин Ленинградской области (2009 год)
Почётный гражданин города-героя Волгограда
Почётный гражданин города Приозерска
Орден РПЦ святого благоверного князя Даниила Московского I степени (2011 год)
Орден Александра Невского (2015 год)
Почётный житель города Сестрорецка (2015 год)
Собственность и доходы
С июля 2013 года по февраль 2014 года обладал около 0,0001 % акций «Газпрома», продал долю незадолго до существенного падения котировок на фоне Крымского кризиса[21].

Семья
Виктор Зубков женат.

Жена — Зоя Михайловна (владелец компании «Салон Нефертити»).
Дочь Юлия Похлебенина (р.1970). Окончила Финансово-экономический институт. Владелец аква-фитнес-клуба «Парус» в Санкт-Петербурге[22]. Обе имеют многомиллионные доходы[23].
Первым мужем Юлии Похлебениной стал Николай Похлебенин, сын тесно связанного с Виктором Зубковым бывшего первого секретаря Приозёрского горкома КПСС Геннадия Похлебенина[24]. Юлия Зубкова вместе с первым мужем учредила АОЗТ «Север». Руководила аква-фитнесс-клубом «Парус».
Вторым мужем стал петербургский бизнесмен Анатолий Сердюков, который в дальнейшем сделал служебную карьеру в структурах ФНС России и был министром обороны Российской Федерации в 2007—2012 годах.
Старшая внучка Виктора Зубкова, Анастасия Похлебенина, родилась в 1993 году, поступила в Санкт-Петербургский государственный университет, учится на юридическом факультете.
Младшая внучка Наталия Сердюкова — ученица школы.