Николай Егоров возглавил офис в Санкт-Петербурге, Пугинский — в Москве, а Афанасьев открыл небольшой офис в Филадельфии, ориентированный на американские корпорации, инвестирующие в Россию. Одним из самых ценных клиентов стала юрфирма Dechert (рус.)англ., отдавшая в ведение нового адвокатского бюро выходивших на постсоветский рынок отельеров Marriott International и инвестфонд Franklin Templeton.

Афанасьев вернулся в Россию лишь в 1999, передав филадельфийский офис новому партнёру — Брюсу Марксу, бывшему партнёру в Spector Gadon & Rosen. Некоторое время адвокатское бюро носило имя «Егоров, Пугинский, Афанасьев и Маркс» (ЕПАМ), что до сих пор отражено в доменном имени epam.ru. В 2001 году ввиду разногласий Маркс вышел из партнёрства, с его уходом был закрыт офис в Филадельфии.

К 2006 году число юристов превысило сто человек. В России бюро уступало по размеру штата лишь фирме «Пепеляев, Гольцбат и партнеры», но занимала первое место по размеру выручки, которую Forbes оценивал в 24 млн долларов.

В апреле 2007 года фирма открыла свой офис в Лондонe. Его возглавил Аллен Томас, выходец из Paul, Weiss, Rifkind, Wharton & Garrison (рус.)англ..

Летом 2011 года было объявлено о слиянии с украинской юридической фирмой Magisters, ставшей к тому времени в результате серии слияний заметным игроком на рынке СНГ. В киевском, минском, астанинском и московском офисах Magisters, основанной в 1997 году, работали около ста юристов, а годовая выручка составляла порядка 26 млн долларов. «Егоров, Пугинский, Афанасьев и партнёры» по числу юристов были вдвое крупнее, а по выручке — в пятеро (рейтинг The Lawyer European 100 оценивал её в 139 млн долларов за 2010 год). Объединённая юридическая компания стала лидером среди юридических компаний Восточной Европы как по количеству юристов, так и по выручке. В мировом рейтинге адвокатское бюро вошло в сотню крупнейших юридических фирм мира по числу юристов. В рейтинге The Lawyer European 100— 2011 объединённая фирма заняла 18-е место среди европейский независимых юридических компаний. Вскоре после объединения фирма открыла ассоциированный офис в Вашингтоне, который возглавил партнёр киевского офиса Magisters Эндрю Мак.

Рыночная позиция

В рейтинге крупнейших юридических фирм в России, составленном «Коммерсантом» в 2015 году, бюро занимает первое место по размеру выручки от российской практики, а также лидирует в рейтингах по четырём направлениям юридической практики: Международный коммерческий арбитраж, Корпоративные споры, Банкротство, Антимонопольные споры и консультирование.

Председатель комитета партнёров адвокатского бюро Дмитрий Афанасьев стал победителем премии The Lawyer European Awards 2015 в номинации «Управляющий партнер года в Европе». 8 сентября 2015 указом Президента России Дмитрию Афанасьеву было присвоено звание «Заслуженный юрист Российской Федерации».

В рейтинге лучших юристов России The Best Lawyers 2016 представлены 42 юриста «Егоров, Пугинский, Афанасьев и партнёры» — лучший показатель среди юридических фирм, имеющих российскую практику. Управляющий партнер бюро Илья Никифоров получил максимальное количество упоминаний в рейтинге: Best Lawyers рекомендовали его 13 раз для различных специализаций. Также в тройку лидеров вошёл Дмитрий Афанасьев с персональными рекомендациями в шести различных категориях.