С 1989 г. — в Управлении ВВ МВД СССР по Дальнему Востоку и Восточной Сибири. В 1990-х годах командовал бригадой внутренних войск на территории Северного Кавказа, участвовал в Первой чеченской войне. С 1997 г. — заместитель командира дивизии ВВ МВД РФ Северо-Кавказского Округа Внутренних Войск.

С октября 1999 г. — начальник штаба, затем командующий группировкой «Север» в Чечне. Участвовал в руководстве боевыми действиями по освобождению Галашек, Аршты и Бамута. При штурме Грозного группировка «Север» под его командованием за двое суток выполнила свою задачу с минимальными потерями. При проведении этой операции было убито и ранено около 200 боевиков, 23 бандита взяты в плен. К 3 февраля 2000 года группировка «Север» вышла в центр Грозного и соединилась с войсками других группировок.

«Он был очень уважаемый на Чечне офицер, давший себе слово чести, что ни один из его бойцов на второй войне не будет считаться без вести пропавшим», — вспоминала о нём подполковник Вера Кулакова.

За проявленное мужество в боях и умелое руководство войсками в борьбе с террористическими формированиями на Северном Кавказе Указом Президента Российской Федерации от 29 февраля 2000 года полковнику Груднову Игорю Сергеевичу присвоено звание Героя Российской Федерации с вручением медали «Золотая Звезда».

В 2000 г. назначен заместителем военного коменданта Чечни. В августе 2001 г. в одной из спецопераций в Ножай-Юртовском районе в составе колонны внутренних войск попал в засаду боевиков, получил тяжёлое огнестрельное ранение в грудь. Продолжал командовать бойцами, организовал оборону и отпор противнику; колонна продержалась около 40 минут до прибытия подкрепления. Бандитская атака была отбита, потери составили — 2 погибших солдат. Несколько месяцев находился на лечении.

В 2004 году окончил Академию Генерального Штаба, служил на территории Южной Осетии. В 2005 г. присвоено воинское звание «генерал-майор», назначен первым заместителем командующего войсками Сибирского военного округа Внутренних войск МВД РФ. Указом Президента Российской Федерации от 3.9.2011 № 1090 назначен первым заместителем командующего войсками Северо-Кавказского Регионального Командования ВВ МВД России.

8 августа 2012 г. избран заместителем председателя Ростовского регионального отделения Межрегиональной общественной организации военнослужащих, проходивших службу в Орджоникидзевском Высшем Венном Командном Краснознамённом училище им. С. М. Кирова МВД СССР, «Кировцы».

В 2002 г. баллотировался в депутаты Государственной Думы Ставропольского края.

Указом Президента Российской Федерации от 22 февраля 2013 г. присвоено очередное воинское звание «генерал-лейтенант».

13 октября 2016 года назначен командующим Восточным округом войск национальной гвардии РФ.

Награды

Медаль «Золотая Звезда» Героя России (29.2.2000),
Другие ордена и медали.
Также награждён орденом Атамана Платова (2013).