В 2001—2005 — заместитель госсекретаря по контролю за вооружениями. Посол США в ООН в 2005—2006. Ушёл в отставку 9 декабря 2006. На этом посту его сменил пуштун Залмай Халилзад. С января 2007 Болтон работает в должности старшего научного сотрудника в Американском институте предпринимательства, с лета 2007 избран в члены учёного совета.

Болтон известен своими консервативными взглядами на внешнюю политику. Он является сторонником жёсткой линии по отношению к странам так называемой «оси зла»: Северной Корее, Ирану и Кубе, а также по отношению к России и её союзникам. В частности, в 2002 он предъявил обвинения руководству Кубы и лично Кастро в экспорте биологического оружия в «страны-изгои». В 2003 стал активным сторонником вторжения в Ирак. В мае 2007 Болтон выступил с призывом к администрации президента США как можно скорее провести военную операцию и в отношении Ирана.

Представитель США в ООН

Несмотря на то, что Болтон больше года являлся представителем США в ООН, он не скрывал своего скептицизма в отношении этого института. Так, он однажды заявил, что «Нет такого понятия, как ООН. Есть только международное сообщество, которое может возглавлять лишь единственная в мире сверхдержава, коей являются Соединённые Штаты».

Общественный деятель

В июне 2010 года вместе с рядом известных политиков основал международную общественную организацию «Инициатива друзей Израиля» («Friends of Israel Initiative»), одна из задач которой — борьба с делегитимацией государства Израиль.

Критика

Критики утверждают, что Болтон заставлял разведку поддерживать его взгляды и политические цели в ряде случаев. Грег Тилмэнн из Бюро государственного департамента Разведки и Исследования (INR) был приставлен к Болтону как ежедневный докладчик по разведке. Тилмэнн заявил журналисту Сеймуру Хершу, что «Болтон казался обеспокоенным, потому что INR не говорил ему того, что он хотел услышать… Меня перехватили в двери его офиса и сказали мне: „Заместитель министра более не нуждается в Вас на этой встрече“». Согласно прежним сотрудникам, Болтон скрывал информацию, которая противоречила его целям, от Госсекретаря Соединённых Штатов Колина Пауэлла и от преемницы Пауэлла Кондолизы Райс. В 2002 Болтон обвинял Кубу в передачах технологии биологического оружия так называемым странам-изгоям. Согласно статье Службы новостей Скриппс (Scripps Howard News Service), Болтону «хотелось сказать, что у Кубы было биологическое оружие и что она экспортировала его в другие страны». Аналитики разведки хотели ограничиться декларацией, что Куба «могла развить такое оружие». Согласно [AlterNet], прогрессивная/либеральная информационная служба, Болтон попытался уволить главного аналитика по биооружию в бюро государственного департамента разведки и исследования и офицера ЦРУ по Латинской Америке. Под присягой на слушаниях Сената по случаю его консульского назначения в ООН он отрицал, что пытаться уволить тех людей, но семь чиновников разведки противоречили ему.

Болтон, как предполагает конгрессмен от демократов Генри Уоксмэн, в 2003 году повлиял на решение Буша заявить, что британская разведка определила, что Ирак пытается привезти уран из Нигера. Эти утверждения, как утверждали критики президента, были частично основаны на документах, которые, как окажется позже, были подделаны.

В 2006 году политический деятель из Шведской Либеральной партии номинировал Болтона на Нобелевскую премию мира, которую Болтону не присудили.

28 мая 2008 года на Фестивале Литературы и Искусств в Уэльсе британский активист, журналист the Guardian Джордж Монбио попытался произвести гражданский арест Болтона из-за того, что тот являлся одним из идеологов и организаторов войны в Ираке. Попытка была неудачна, и Джордж Монбио был изгнан персоналом службы безопасности.