В 1978 году защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата исторических наук по теме «Опыт исследования парламентской демократии в Таиланде».

В 1989 году защитил диссертацию на соискание учёной степени доктора исторических наук по теме «Парламентская демократия и политическая традиция Востока».

В 1988—1994 годы преподавал историю религий в Московской духовной академии, где имел звание доцента.

С 1994 по 2012 год — заведующий кафедрой «Религиоведения, философии и вероучительных дисциплин» философско-богословского факультета Российского православного института св. Иоанна Богослова.

В 2001 году уволился из Института востоковедения РАН и перешёл работать в МГИМО. Был профессором кафедры философии МГИМО, а также возглавлял в качестве генерального директора университетский Центр «Церковь и международные отношения».

Уволен за критику действий российского правительства на Украине и в Крыму, однако комиссия Совета при президенте РФ по трудовым правам признала увольнение незаконным.

Владеет английским, тайским и французским языками.

Научная деятельность и публицистика

Первоначально специализировался на изучении вопросов политической истории Таиланда, парламентаризма в странах Востока. Под влиянием В. С. Семенцова стал заниматься проблемами религиоведения и истории России.

В 1993—1994 годах в журнале «Континент» состоялась примечательная полемика между А. Б. Зубовым и филологом академиком С. С. Аверинцевым о христианском осмыслении истории. В отклике на статью Зубова «Пути России» Аверинцев выразил несогласие с используемой Зубовым дихотомической схемой «эвдемонизм» — «сотерия». Кроме того, он не согласился с утверждением, будто «в 1941 году граждане СССР почти поголовно верили Сталину, готовы были умереть за него».

Зубов ответил Аверинцеву статьей «Опыт метанойи» в которой он высказал резко критическое отношение к фигуре генерала Власова.

Дискуссия Зубова и Аверинцева была включена журналом «Континент» в «Избранное „Континента“ за 1992—2011», что дополнительно подчеркивает её значимость.

Позднее Зубов кардинально изменил отношение и к проблеме Власова, и к характеристике войны как Отечественной (что нашло своё выражение и в книге «История России. XX век»).

В 2000-е годы стал ответственным редактором проекта по выпуску двухтомника «История России. XX век» (1 том: 1894—1939 и 2 том: 1939—2007). Авторский коллектив объединяет более 40 авторов из России и зарубежья. Проект изначально создавался под руководством А. И. Солженицына, но затем Солженицын дистанцировался от него (причины раскрываются в письме Солженицына Зубову, копия письма доступна в блоге russia_xx.) Книга вышла в 2009 году.

Концепцию книги А. Б. Зубов представляет следующим образом:

В предисловии ответственного редактора я формулирую несколько моментов, которые мне кажутся важными <…> Первый момент: мы ставим в вершину угла человека, считаем, что высшей ценностью общества является судьба человека: его благополучие, свобода, внутреннее достоинство. Когда человека вынуждают не добровольно, ради коллективизации, ради геополитического расширения отдавать свою жизнь, силы, благополучие, свободу и т. д., это всегда историческая неудача. История определяется не тем, насколько сильно или велико государство, а насколько счастлив, свободен и благополучен человек.

Мы исходили из принципа, что высшей ценностью человека является свобода воли. И там, где она не может реализовываться свободно, государство терпит фиаско. Не человек для государства, а наоборот — это первый наш девиз. И он исторически обоснован — ведь человек появился значительно раньше государства и создавал государство ради своих целей. Теперь второй принцип, и здесь мы уже даём некоторую оценку. Исходя из первого принципа, государство, созданное большевиками, было по своей природе бесчеловечным — оно ставило общее как главное, а человека — как второстепенное и служебное по отношению к общему.
Книга вызвала разноречивые оценки специалистов и общественных деятелей.

26 апреля 2010 года в журнале «Эксперт» вышла статья «История фальсификатора», посвящённая книге «История России. XX век» и А. Б. Зубову. 6 июня 2011 года Судебная коллегия по гражданским делам Московского городского суда обязала редакцию журнала «Эксперт» опубликовать «опровержение сведений, не соответствующих действительности и порочащих деловую репутацию Зубова А. Б.».

После своего увольнения из МГИМО часто выступал в СМИ оппозиционной направленности, в том числе с вопросами, касающимися истории. В мае 2015 года на сайте The Insider была публикация Ольги Горелик с комментариями Андрея Зубова и Николая Сванидзе «7 главных мифов о войне», в которой авторы критикуют набор тезисов, названных наиболее распространёнными мифами о Второй мировой войне. Военный историк Григорий Пернавский указал на большое, по его мнению, количество фактологических ошибок и оценил эту публикацию как непрофессиональную и пропагандистскую.

Общественная, церковная и политическая деятельность

Православный христианин. По словам Зубова, к вере его привёл Всеволод Семенцов, который также был крёстным отцом его старшей дочери Ксении и старшего брата Андрея. Крестился в Лазареву субботу 1978 года, после девяти месяцев оглашения. Крёстным отцом был протоиерей Валентин Асмус.

Член Союза писателей Москвы. Член редакционной коллегии журнала «Континент». В 1998 году награждён премией фонда «Знамя».

Координатор общественного комитета «Преемственность и возрождение России», целью которого является «восстановление правового и культурно-исторического преемства с дореволюционной Россией как основы её возрождения».

Прихожанин и чтец в храме Рождества Богородицы в Крылатском (Москва).

Один из авторов «Основ социальной концепции Русской православной церкви».

В 1999 году в ходе внутрицерковной дискуссии, предшествовавшей канонизации Николая II, Зубов выступил против причисления последнего русского царя к лику святых.

27 декабря 2000 года решением Священного синода включён в состав делегации Русской православной церкви на двусторонние собеседования по церковно-общественной тематике с Армянской апостольской церковью, прошедшие 12—16 февраля 2001 года в Эчмиадзине.

16 июля 2005 года решением Священного синода включён в синодальную рабочую группу по разработке «концептуального документа, излагающего позицию Русской Православной Церкви в сфере межрелигиозных отношений».

В октябре 2005 году являлся участником церковно-общественного форума «Единением и любовью спасёмся», посвященного 625-летию победы на Куликовом поле.

26 марта 2006 года в Иоанно-Предтеченском соборе Русской православной церкви заграницей в Вашингтоне вместе со священником Георгием Эдельштейном был участником встречи, посвящённой проблемам восстановления общения между Русской зарубежной церковью и Московским патриархатом.

Член Народно-трудового союза российских солидаристов (НТС) с 2003 года. Член Совета НТС с мая 2006 до апреля 2008 года. Председатель Исполнительного бюро НТС (2006—2008). Член редколлегии журнала «Посев» (до апреля 2008 года).

6 марта 2008 года на вечере по случаю 15-летия Российского православного института награждён орденом преподобного Сергия Радонежского III степени.

29 июня 2009 года распоряжением Патриарха Московского и всея Руси Кирилла включён в редакционный совет и редакционную коллегию по написанию учебника и методических материалов по учебному курсу «Основы православной культуры» для средней школы.

27 июля 2009 года решением Священного синода включён в состав Межсоборного присутствия (член Комиссии по вопросам взаимодействия Церкви, государства и общества). Тогда же включён в состав Синодальной библейско-богословской комиссии.

29 сентября 2009 года участвовал в конференции «Религия и политическая культура» в Риме, организованной по инициативе Папского Григорианского университета и фонда Аденауэра. Выступил с докладом, где рассказал о пути, который прошли отношения Церкви и государства в России в XX веке.

В марте 2012 года выступил в прессе в связи с делом Pussy Riot. По его мнению, наказание участницам группы было неадекватно жёстким, и даже в Российской империи к подобным поступкам относились снисходительнее.

После референдума о статусе Крыма в марте 2014 года выступил с резкой критикой вхождения Республики Крым в состав Российской Федерации. В статье «Аншлюс без кавычек» историк, в частности, писал:

Нынешняя Россия — государство слабое в военном отношении и абсолютно провальное в экономическом. Никакого реального противодействия НАТО от него ждать не приходится. Затеянный Москвой аншлюс Крыма на поверку окажется бессмысленной авантюрой.

В июле 2014 в интервью интернат-порталу «Украинская правда» Зубов заявил:

Бандеровцам же приписывалось все: и геноцид украинского народа, и уничтожение евреев, и сотрудничество с Гитлером и все мыслимые жестокости. Бандеровцы — это пример большой лжи советской системы. Хотя с точки зрения науки истории — это было национальное освободительное движение, антикоммунистическое. Любой национализм — страшная штука, особенно с оружием в руках. Но Бандера был в сто раз менее жестоким, чем бериевское или абакумовское НКВД, боровшееся с бандеровцами. Поэтому любая попытка освободить их от этого государства уже была элементом справедливости. И в этом смысле бандеровское движение более оправдано с точки зрения морали, чем сталинское советское государство.

В сентябре 2014 года подписал заявление с требованием «прекратить агрессивную авантюру: вывести с территории Украины российские войска и прекратить пропагандистскую, материальную и военную поддержку сепаратистам на Юго-Востоке Украины». В начале октября 2014 года опубликовал в газете «Ведомости» статью «Крым наш?», содержащую обширные экскурсы в историю Крыма и заканчивающуюся призывом:

На наш взгляд, он [выход] требует отказа от претензий на владение этой землёй и возвращения к воле людей, живущих здесь, которая и должна определять её судьбу.

Не вошёл в новый состав Межсоборного присутствия, утверждённый 23 октября 2014 года решением Священного синода Русской православной церкви.

Весной 2016 года Андрей Зубов заявил о своём участии в выборах в Госдуму от Партии народной свободы. Он опубликовал собственную политическую программу, в основу которой легли предложения по десоветизации общества: признание Октябрьской революции и коммунистического режима противоправными, а сопротивления им — правомерным; люстрация для сотрудников КГБ и членов КПСС; компенсации за экспроприированную собственность и принудительный труд; ограничение использования советской символики и т. д. Программа включала также переход к парламентскому государству; расследование преступлений «путинского режима»; обеспечение права на национально-культурное самоуправление для всех народов России; мирное урегулирование конфликта с Украиной через признание её территориальной целостности, отказ от поддержки непризнанных ДНР и ЛНР и проведение нового референдума в Крыму под контролем временной администрации ООН.

Выдвигал свою кандидатуру на выборах в Государственную думу VII созыва по 208-му одномандатному избирательному округу (от центрального округа города Москвы). В итоге получил 18 789 голосов избирателей (11,27 % голосовавших) и в состав Думы не прошёл.

В конце августа 2016 года, во время кампании по выборам в Государственную думу, телекомпания «РЕН ТВ» сообщила о «скандале в Сети» в связи с интервью Андрея Зубова на Радио «Свобода» полуторагодичной давности (март 2015 года), в котором он признался:

А я ещё в «Кофеварке» нашего института говорил друзьям, как, мол, досадно, что Сталин не проиграл войну Гитлеру. Потому что всё равно, в конце концов, союзники бы нас освободили, но тогда бы англичане и американцы установили бы у нас демократию и сменили бы людоедский сталинский режим.

В этом интервью Зубов заявил также:

По сравнению со Сталиным Гитлер это ангел русской истории. Потому что Гитлер при всем желании не погубил столько людей русских, сколько погубил Сталин. […] Он [Гитлер] преступник и мерзавец, но для нашего народа именно Ленин и Сталин — это палачи беспримерные. То, что Гитлер для евреев, то для всех народов России — Ленин и Сталин. Так же, как поставить в Иерусалиме дом-музей Гитлера, так же в России — дом-музей Сталина. То же самое!

Увольнение из МГИМО

1 марта 2014 года Зубов опубликовал в «Ведомостях» статью, критикующую политику России в отношении Крыма. Автор сравнил действия России с аншлюсом Австрии Третьим рейхом в 1938 году. Руководство МГИМО предупредило его о возможном увольнении за «неуместные и оскорбительные исторические аналогии». В СМИ появилась информация об увольнении Зубова, но ректор университета А. В. Торкунов заявил, что профессор продолжает работать в вузе. Зубов, в свою очередь, сообщил, что ему было недвусмысленно сказано об увольнении и «были приняты соответствующие шаги в институте. Но массовое возмущение, которое возникло в России и мире по этому поводу, заставило отыграть назад». Историку вынесли «глубокое порицание» за статью и сказали, что он может продолжать преподавать.

Впоследствии выяснилось, что Зубова всё же уволили из МГИМО. По сведениям дочери профессора, это произошло 4 марта 2014 года. Русская служба Би-би-си сообщила об увольнении 24 марта. В этот же день на сайте вуза появилось официальное сообщение «О Зубове А. Б.»:

[А. Б. Зубов] сознательно и неоднократно нарушал Устав МГИМО, Правила внутреннего распорядка и Положение МГИМО об основных принципах корпоративного поведения, которые определяются ведомственной принадлежностью МГИМО к МИДу России. Многочисленные высказывания и интервью Зубова А. Б. о происходящем на Украине и о внешней политике России вызывают возмущение и недоумение в университетской среде. Они идут вразрез с внешнеполитическим курсом России, подвергают безоглядной и безответственной критике действия государства, наносят вред учебно-образовательному и воспитательному процессу. Оставляя на совести Зубова А. Б. неуместные и оскорбительные исторические аналогии и характеристики, руководство МГИМО сочло невозможным продолжение работы Зубова А. Б. в институте и приняло решение о прекращении с ним трудового договора.
— Би-би-си: «Из МГИМО уволен профессор Андрей Зубов»
Сам историк объясняет своё увольнение давлением со стороны высшей исполнительной власти России («Кремля»):

Кто-то очень хотел, чтобы меня уволили немедленно, ведь у меня 30 июня истекает контракт, и можно было это сделать совершенно без всякого скандала, просто не продлить контракт и всё. […] Как я знаю, ректор был вообще против увольнения, он всячески сопротивлялся моему увольнению. Это был приказ Кремля, как мне сообщили неофициально. Естественно, доказать я это не могу.

Представители российской научной общественности выпустили ряд обращений в защиту Зубова. Профессор также сообщил о неформальной поддержке со стороны коллег:

Ни один человек в [МГИМО] не высказывал [недовольства], зато очень многие подходили, жали руки и говорили, что они со мной согласны. Понятно, что боятся высказывать это публично.

С другой стороны, Зубов признал, что данное увольнение — большой удар по его преподавательской карьере, так как в МГИМО сотрудники работают по контрактной системе. «Если бы они решили не продлять [контракт], я бы мог уйти куда угодно. Но если я уволен по этой статье, меня ни одно учебное заведение больше не примет. Это как Каинова печать», — говорит профессор.

Восстановление

Комиссия Совета при Президенте РФ по трудовым правам признала увольнение незаконным. Согласно выводу комиссии, приказ об увольнении Зубова «не соответствует положениям статей 1, 2, 6, 13, 15, 29, 44 Конституции РФ, статей 3, 81, 192, 193, 336 Трудового кодекса РФ, статьи 47 ФЗ „Об образовании“».

11 апреля 2014 года решение об увольнении А. Б. Зубова было отменено. В официальном заявлении руководства МГИМО говорится следующее:

В Университет поступило уведомление Территориальной избирательной комиссии района Хамовники города Москвы № 110-тик от 10.04.2014 г. о членстве А. Б. Зубова в Участковой избирательной комиссии 161-го избирательного участка Московской городской избирательной комиссии по району Хамовники.

Согласно пункту 19 ст. 29 Федерального закона от 12.06.2002 года № 67-ФЗ «Об основных гарантиях избирательных прав и права на участие в референдуме граждан Российской Федерации», члены избирательных комиссий не могут быть уволены по инициативе администрации в период исполнения ими соответствующих полномочий.

Не меняя ранее данной оценки нарушения Положения об основных принципах корпоративного поведения, ректоратом принято решение приказ № 649-к от 24.03.2014 года «Об увольнении ЗУБОВА А. Б.» отменить.

30 июня 2014 года истёк срок контракта А. Б. Зубова в МГИМО. На новый срок контракт продлён не был, в связи с чем историк был уволен из университета.

Семья

Отец — Борис Николаевич Зубов (1912—2007, фамилия по отчиму), кораблестроитель, контр-адмирал, начальник управления Министерства судостроительной промышленности СССР.
Мать — Ия Евгеньевна Зубова (Савостьянова). Была доцентом кафедры общехимической технологии, окончила Менделеевский институт, защитила кандидатскую диссертацию. Её родители имели усадьбу в Витебске. Дед по матери, Евгений Петрович, окончил Московское коммерческое училище и был служащим в Банке коммерческого кредита, в советское время работал в бухгалтерии в Министерстве пищевой промышленности. Бабушка по матери Шушан Тер-Хачатурян — армянка, окончила Строгановское Центральное училище в Москве.
Брат — Сергей, старше Андрея на 8 лет.
Двоюродный брат — Евгений Савостьянов (сын Ирины Евгеньевны Савостьяновой, приходившейся сестрой матери А. Б. Зубова).
Супруга — Ольга Игоревна Зубова, кандидат исторических наук, учёный-египтолог.
Дети: Ксения, Ирина, Дарья, Даниил.
Зять: Н. А. Бобринский — юрист-международник, журналист и публицист.