Согласно официальным данным Министерства обороны США, Абу Бакр был задержан и содержался как подозреваемый (участник среднего уровня в антиамериканском суннитском заговоре) с февраля по декабрь 2004 года в крупнейшем в Ираке американском лагере Букка (англ.)русск. (через этот лагерь прошло 20—26 тысяч заключённых, был расположен неподалёку от города Умм-Каср и был назван в честь погибшего 11 сентября 2001 года в Нью-Йорке пожарного Рональда Букка). Но, по воспоминаниям командира лагеря Букка полковника армии США Кеннета Кинга (Kenneth King), он хорошо запомнил этого человека и «на 99 % уверен», что Абу Бакр покинул их не в 2004 году, а прямо перед закрытием лагеря, в конце лета 2009. Он был отправлен на транспортном самолёте C-17 в лагерь поменьше около Багдада, а затем отпущен. Абу Бакр запомнился полковнику тем, что при отправке из лагеря сказал своим охранникам: «Увидимся в Нью-Йорке», так как знал, что они были родом из Нью-Йорка и относились к 306-му батальону военной полиции, в котором служили в основном бывшие пожарные и полицейские Нью-Йорка.

В интервью для The Daily Telegraph современники аль-Багдади описали его в молодости как скромного, невпечатляющего, религиозного богослова, человека, избегающего насилия. Более десяти лет, до 2004 года, он жил в комнате, прикреплённой к маленькой местной мечети в Тобчи, в бедном районе на западной окраине Багдада, населённым как шиитами, так и суннитами.

В июне 2014 года группировка получила мировую известность, в течение месяца взяв под контроль значительную часть северного Ирака (при поддержке других суннитских антиправительственных групп), включая второй по величине город Ирака Мосул. 29 июня было провозглашено создание «халифата» во главе с аль-Багдади на подконтрольных ИГИЛ территориях Сирии и Ирака. Сам аль-Багдади был провозглашён «халифом» под именем Ибрахим, а столицей «Исламского государства» объявлен город Ракка. Также утверждает, что является потомком пророка Мухаммеда с именем Абу Бакр аль-Багдади аль-Хусейни аль-Кураши.

5 июля 2014 года аль-Багдади произнёс свою первую публичную речь во время пятничной молитвы в мечети Мосула, записанную на видео и размещённую в интернете, в которой призвал всех мусульман мира подчиниться ему и присоединиться к джихаду под руководством группировки. Непризнанное государство претендует на религиозную и политическую власть над всеми территориями, где проживают мусульмане, включая территории Иордании, Израиля, Палестины, Кувейта, Ливана, Турции и России.

В 2014 году американские и иракские аналитики разведки заявили, что аль-Багдади имеет докторскую степень в исламоведении, полученную в университете в Багдаде. Согласно биографии, распространяемой на интернет-форумах джихадистов, с июля 2013 года он получил степень бакалавра, магистра и доктора философии исламоведения в Исламском университете Багдада. Ещё один доклад говорит, что он получил докторскую степень в области образования в Багдадском университете.

Декларация аль-Багдади о создании «халифата» была подвергнута широкой критике и насмешкам со стороны ряда богословов и лидеров исламистских организаций, конкурирующих с ИГИЛ.

Сообщения о ранениях и смерти

В ночь на 26 февраля 2015 года канал «Аль-Арабия» (Абу-Даби) сообщил, что в результате авиаударов прозападной коалиции по иракскому району Аль-Каим уничтожены десятки террористов, включая крупных полевых командиров и лидеров «Исламского государства». Среди убитых или раненых может быть «эмир Исламского государства» Абу Бакр аль-Багдади, однако последнее не подтвердилось.

18 марта 2015 Абу Бакр получил тяжёлое ранение в результате удара сил прозападной коалиции по конвою из трёх автомобилей на границе Ирака и Сирии; в сообщениях говорилось также, что он умер в больнице сирийского города Эр-Ракка. После этого боевики ИГИЛ присягнули новому «халифу» Абдуррахману Мустафе Аль Шейхлару, получившиему прозвище Абу Аля аль-Афри. Согласно более позднему сообщению The Guardian, Абу Бакр остался жив, но был парализован в результате ранения в позвоночник. В декабре 2015 года появились сообщения, что после лечения в Турции главарь ИГИЛ тайно перебрался в Ливию

14 июня 2016 года в СМИ появилась информация о том, что Абу Бакр аль-Багдади был убит в результате авиаудара сил западной коалиции, в окрестностях города Ракка. Согласно сообщениям, тяжело раненый аль-Багдади был перевезён в центр города, занятый террористами, где вскоре скончался. В этот же день представители сил возглавляемой США коалиции заявили, что не располагают информацией, которая бы могла подтвердить эти сообщения. Министерство обороны США, в свою очередь, также опровергло эту информацию.

3 октября 2016 года в СМИ появилась информация о том, что Абу Бакр аль-Багдади был отравлен вместе с тремя другими высокопоставленными боевиками.