С октября 1996 года — член совета при правительстве РФ по вопросам банковской деятельности. С 2001 по 2006 год — член бюро правления Российского союза промышленников и предпринимателей (в 2006 году добровольно покинул бюро).

Осенью 1997 года возглавил созданный ЗАО «Банкирский дом Санкт-Петербурга». Места вице-президентов в организации занимали жена председателя Счётной палаты Сергея Степашина Тамара Степашина и бывший кандидат в губернаторы Петербурга бывшая начальник Фрунзенского РУВД Петербурга Анна Маркова.

В сентябре 2004 года Коган продал 75 % акций «Промстройбанка» Внешторгбанку, перейдя на работу в Федеральное агентство по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству (Росстрой). С октября 2005 года — директор федерального предприятия «Северо-Западная дирекция Госстроя России — дирекция комплекса защитных сооружений Санкт-Петербурга от наводнений». 30 декабря 2004 года назначен заместителем руководителя Росстроя. В июле 2008 года назначен руководителем департамента Минрегионразвития РФ.

10 ноября 2011 года был подписан Указ о награждении Когана орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени. С июля по август 2012 года занимал пост руководителя Федерального агентства по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству в ранге заместителя министра регионального развития.

В 2015 году приобрёл контрольный пакет акций банка «Уралсиб».

Личное состояние
Согласно сведениям о доходах и имуществе, личный доход Владимира Когана в 2010 году составил почти 821 млн руб., а вместе с супругой — почти 830 млн руб. Имеет в собственности пять квартир, два жилых дома (один из них — на Кипре), четыре автомобиля (Cadillac Escalade ESV, Land Rover Range Rover, Mercedes-Benz S500 4M и Porsche Cayenne Turbo). По данным российского издания журнала Forbes доход семьи Когана в 2011 году составил 829,37 млн руб., а его состояние в 2013 году составило $0,95 млрд.

Семья
Женат. Жена — Людмила Коган, 1965 г. р., гендиректор компании «БФА-Девелопмент» (ранее «Петровский трейд хаус»). Один из сыновей Владимира — Ефим Коган в 2012 году окончил юрфак СПбГУ, совладелец банка БФА. Отец — Игорь Коган, 1936 г. р., владеет вместе с давним партнёром сына Давидом Трактовенко ООО «Балтрос», ранее вместе с сыном владел компанией «Балтийский лизинг». Дядя — Владимир Свердлов, 1936 г. р., был вице-президентом «Банкирского дома „Санкт-Петербург“» и директором «Птицефабрика Северная», вместе с Игорем Коганом владел логистическим комплексом «Осиновая роща». Двоюродный брат — Юрий Свердлов, 1972 г. р., возглавлял сельскохозяйственный дивизион группы Когана, был руководителем «БФА-девелопмент» и депутатом Госдумы V созыва.