В 1987—1988 годах принимал участие в военном конфликте в Афганистане. По информации СМИ, он входил в состав группы сотрудников советских спецслужб, действовавших под наименованием «Каскад».

В декабре 1990 года Иванов вместе с Грызловым и Валентином Чуйкиным зарегистрировал малое предприятие «Блок». Был также директором фонда «Базис».

В октябре 1994 года Иванов был уволен в запас в звании полковника и назначен начальником управления административных органов мэрии Санкт-Петербурга (по данным СМИ, занял этот пост благодаря содействию своего нового знакомого Владимира Путина, тогдашнего помощника мэра города Анатолия Собчака). В мэрии Иванов курировал работу правоохранительных органов.

В 1996—1998 годах — генеральный директор российско-американского ЗАО «Телеплюс», занимавшегося организацией трансляции спутниковых каналов и монтажом оборудования для приёма спутниковых и эфирных каналов.

В 1998—1999 годах — начальник Управления собственной безопасности ФСБ России.

В 1999—2000 годах — руководитель Департамента экономической безопасности ФСБ России.

С 2000 года — заместитель руководителя администрации президента Российской Федерации.

В июне 2002 года Иванов стал председателем совета директоров только что созданного ОАО «Концерн ПВО „Алмаз-Антей“», выпускающего зенитные ракетные комплексы С-300 и С-400. При этом Иванов сумел не допустить включения концерна в состав Межведомственной финансово-промышленной группы «Оборонительные системы», на чём настаивал возглавлявший тогда Минпромнауки Илья Клебанов.

С марта 2004 года по май 2008 года — помощник президента Российской Федерации, в его обязанности вошли информационно-аналитическое обеспечение деятельности президента по кадровым вопросам, вопросам государственной службы и защиты конституционных прав граждан; обеспечение взаимодействия администрации президента с органами государственной власти по этим вопросам; подготовка проектов решений президента по кадровым вопросам, по вопросам назначения судей, по вопросам гражданства, помилования, а также по вопросам награждения государственными наградами.

В июне 2005 года Иванов был избран председателем совета директоров ОАО «Аэрофлот».

В сентябре 2005 года Иванов был повторно избран председателем совета директоров ОАО «Концерн ПВО «Алмаз-Антей».

15 мая 2008 года указом президента Медведева Иванов был назначен директором Федеральной службы Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков. Одновременно с этим Иванов покинул пост председателя совета директоров «Аэрофлота».

В октябре 2010 года Иванов посетил Лос-Анджелес, чтобы «провести кампанию против легализации марихуаны в Калифорнии», а также приехал в Вашингтон, чтобы встретиться с главой американского антинаркотического ведомства Джилом Керликовски (Gil Kerlikowske) и спецпредставителем США в Афганистане Ричардом Холбруком и обсудить меры по борьбе с маковыми посевами в Афганистане, а также призвать к более активному осуществлению программы по уничтожению этих посевов с воздуха.

5 апреля 2016 года Указом Президента России Владимира Путина Федеральная служба по контролю за оборотом наркотиков упразднена, а её функции и полномочия передаются в систему Министерства внутренних дел Российской Федерации к 1 июня 2016 года. Виктор Иванов не перешёл на службу в новое ведомство. 7 мая 2016 года исключен из состава Совета Безопасности Российской Федерации.

Критика
В 2015 году на заседаниях Высокого суда по делу о гибели Александра Литвиненко Виктора Иванова обвинили в причастности к этому громкому делу и в связях с Тамбовской организованной преступной группировкой, которая, как утверждается, в 1990-х годах занималась наркоторговлей и отмыванием денег одного из колумбийских наркокартелей. Иванов называл эту информацию клеветнической.

Диссертация и обвинения в плагиате
Виктор Иванов — доктор юридических наук, тема диссертации — «Юридический механизм обеспечения государственных интересов Российской Федерации: Конституционно-правовые и организационные проблемы формирования и реализации» (2006 год). Согласно анализу Диссернет[14], докторская диссертация Иванова содержит масштабные недокументированные заимствования из четырёх диссертаций[15]. Кроме того, экспертизы сообщества «Диссернет» показывают наличие взаимных заимствований в научных работах В. Иванова и министра МВД Владимира Колокольцева.

Награды
Орден «За заслуги перед Отечеством» II и IV степени
Орден Почёта
Медаль «За боевые заслуги»
Чины и звания
Генерал-полковник
Действительный государственный советник Российской Федерации 1 класса (2012).

Личная жизнь
Виктор Иванов женат, имеет сына и дочь.