С 1980 по 1982 годы Сергей Иванович проходил службу в рядах Советской Армии, а по возвращению в Белгород вновь обратился к педагогической деятельности и стал работать ассистентом кафедры русского языка подготовительного факультета Белгородского государственного педагогического института имени М.С. Ольминского.

С 1984 года в жизни Сергея Курганского начинается продолжительный и плодотворный этап работы в городской администрации. Вначале он занимал пост заведующего отделом культуры Белгородского горсиполкома, затем возглавил отдел культуры, а в 1998 году стал начальником управления культуры администрации города Белгорода. За 18 лет при его непосредственном участии было сделано очень многое: созданы Белгородский государственный историко-художественный музей-диорама «Курская битва. Белгородское направление», городской зоопарк, Белгородский государственный центр народного творчества, построены единственная в регионе бесплатная детская школа искусств и детский музыкальный театр. Параллельно с административной работой Сергей Иванович продолжает заниматься наукой: является разработчиком научной модели культурологического образования в регионе, автором многих учебных пособий, монографий и научных публикаций. В 1995 году он защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата социологических наук по теме: «Ценностные основы современного культурного процесса», а в 1999 году ему присвоено учёное звание доцента.

С 2002 года по январь 2008 года Сергей Иванович становится ректором Белгородского государственного института культуры и искусств. С его приходом заметно укрепилась материально-техническая база института, был сделан капитальный ремонт здания, куплены музыкальные инструменты и оборудованы компьютерные классы. Библиотека вуза была оснащена по последним требованиям информационных технологий, значительно улучшился качественный уровень профессорско-преподавательского состава. Одно из главных событий — строительство общежития, которое в дальнейшем стало домом для студентов и преподавателей вуза. В 2007 году Сергею Курганскому присвоена учёная степень доктора педагогических наук, а ещё через год — учёное звание профессора.

С января 2008 года по сентябрь 2017 Сергей Иванович возглавляет управление культуры Белгородской области. Под его руководством были проработаны идеи брендирования населенных пунктов муниципальных районов и городских округов, значительный толчок получило развитие профессионального искусства. Так, в Белгородской области открылся органный зал филармонии и появился концертный карильон. Много внимания уделяется модернизации сферы культуры: созданы модельные дома культуры и модельные библиотеки, открылись всероссийские школы библиотечной и клубной инноватики. В 2013 году была учреждена ежегодная премия клубным и библиотечным работникам государственных и муниципальных учреждений культуры «Творчество. Мастерство. Успех», а также ежегодная премия среди библиотекарей, обслуживающих детей — «Призвание». Активную работу проводит управление культуры области по созданию попечительских советов по направлениям сферы культуры. Успешно работает Фонд поддержки развития классического музыкального искусства, благодаря чему жители Белгородчины смогли познакомиться с творчеством мировых звёзд, таких как Дмитрий Хворостовский, Борислав Струлёв, Денис Мацуев, «Имперский русский балет». Созданы также попечительские советы по развитию музейного дела, хореографического и театрального искусства на Белгородчине. Создан Белгородский филиал Всероссийского хорового общества, представительства в муниципальных образованиях и городских округах области. Несмотря на большую административную занятость, Сергей Иванович продолжает преподавать в Институте искусств и культуры на кафедре теории и истории культуры, активно участвует в работе Учёного и Попечительского советов.

С сентября 2017 года по настоящее время доктор педагогических наук, кандидат социологических наук, профессор Сергей Курганский возглавляет Белгородский государственный институт искусств и культуры.

Награды и достижения:

1997 год — присвоено почётное звание «Заслуженный работник культуры Российской Федерации» за значительный вклад в сохранение и развитие культуры области;

2006 год — награждён медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени;

2010 — награждён юбилейной медалью Министерства культуры Российской Федерации «150 лет учреждения органов охраны памятников истории и культуры»;

2010 год — объявлена Благодарность Президента Российской Федерации за большой вклад в организацию и проведение мероприятий, посвященных 65-летию Победы в Великой Отечественной войне;

2017 год — награждён почётной грамотой Президента Российской Федерации.